Ba3-SNP:次世代配列データのためのBayesassで再構成された現代的マイグレーション【JST・京大機械翻訳】

Mussmann Steven M.; Douglas Marlis R.; Chafin Tyler K.; Douglas Michael E.

文献

J-GLOBAL ID：201902283270878343 整理番号：19A2412795

Ba3-SNP:次世代配列データのためのBayesassで再構成された現代的マイグレーション【JST・京大機械翻訳】

BA3-SNPs: Contemporary migration reconfigured in BayesAss for next-generation sequence data

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資料名：
巻： 10 号： 10 ページ： 1808-1813 発行年： 2019年
JST資料番号： W2682A ISSN： 2041-210X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

「人口統計学的独立性」を定量化することは,個体群内生殖からの移動を効果的に区別する種に対する潜在的な保存ユニットの確立における重要なステップである。これは,それがリクルートの正確な推定を可能にするので,重要な側面である。例えば,個体群は,個体群の成長が移住よりもむしろ局所的な人口統計学から生じるならば,「管理ユニット」(=MUs)として指定される可能性がある。さらなる興味のあることは移民祖先の計算と移住が起こった時間的文脈の確認である。これは,MUsが局所的(自己維持)出生と死亡率に大きく依存し,祖先の定量化が人口統計学的独立性を検証するために必要であるからである。また,分散率は,保存生物学者に対する即時の関心事であり,個体群間の遺伝的相違を定量化することにより評価することができる。これらのベンチマークを測定する能力は,現在,次世代の配列決定データに対して今までに扱われていない分析ツールを調整する試みにおいて,ここでは全ゲノム分子データに拡張されている。本研究では,マイグレーション検出のための一般的なレガシープログラム(すなわちBayesAss3)を,SNP(単一ヌクレオチド多型)データを受け入れるために修飾した。実験データを用いてBA3-SNPを検証し,高性能およびデスクトップ計算環境に対するその適合性を実証した。また,MCMC(Markov連鎖モンテカルロ)パラメータ調整を自動化する二値探索アルゴリズムを提示することにより,高い解析スループットを容易にした。著者らのBA3-SNP-自動調整プログラムは,入力ファイルの99%に対して5つまたはそれ以下の最適化を必要とし,テストケースの100%において許容できる混合パラメータが得られた。BA3-SNPの実行時間は分析した遺伝子座の数の関数である。ベンチマーキングは数千のSNPを含むデータセットに対して平均実行時間<32時間(1000万MCMC世代)をもたらした。BA3アルゴリズムは,現代のSNPデータセットを分析するための実行可能な選択肢である。ソースコード(C++とPython)は,GNU一般公開License v3.0の下で公開され,以下のURL:https://github.com/stevemussmann/からダウンロード(LinuxとMac OSX)に利用可能である。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理 , 個体群生態学

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