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J-GLOBAL ID：201902284204705929   整理番号：19A0660089

加速分子動力学シミュレーションのベイズ解析によるトリ-ユビキチン鎖の原子論的SAXSモデルの決定【JST・京大機械翻訳】

Determining Atomistic SAXS Models of Tri-Ubiquitin Chains from Bayesian Analysis of Accelerated Molecular Dynamics Simulations

著者 (8件)： Bowerman Samuel (Department of Physics and Center for the Molecular Study of Condensed Soft Matter, Illinois Institute of Technology, Illinois, United States) ,  Rana Ambar S.J.B. (Department of Chemistry, University of Massachusetts-Amherst, Massachusetts, United States) ,  Rana Ambar S.J.B. (Department of Chemistry, University of Wisconsin-Madison, Wisconsin, United States) ,  Rice Amy (Department of Physics and Center for the Molecular Study of Condensed Soft Matter, Illinois Institute of Technology, Illinois, United States) ,  Pham Grace H. (Department of Chemistry, University of Wisconsin-Madison, Wisconsin, United States) ,  Strieter Eric R. (Department of Chemistry, University of Massachusetts-Amherst, Massachusetts, United States) ,  Strieter Eric R. (Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Massachusetts-Amherst, Massachusetts, United States) ,  Wereszczynski Jeff (Department of Physics and Center for the Molecular Study of Condensed Soft Matter, Illinois Institute of Technology, Illinois, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 6  ページ： 2418-2429  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 小角X線散乱(SAXS)は,柔軟な生体分子の溶液集団を特性化するためのますます一般的な技術になっている。しかし,SAXSから得られたデータは典型的に低次元であり,従って追加の構造知識なしで解釈するのは困難である。理論において,分子動力学(MD)軌跡はこの情報を提供することができるが,従来のシミュレーションは完全集合をほとんどサンプルしない。ここでは,加速MDシミュレーションが標準シミュレーションより短い時間スケールでより高い品質モデルを生成するために使用できることを実証し,過剰適合なしで多状態集合を同定できる反復Bayesモンテカルロ法を提示した。この方法をいくつかのユビキチン三量体に適用し,シグナル伝達蛋白質の溶液状態に及ぼす結合型の影響を実証した。結合部位は三量体の溶液柔軟性に直接影響し,可塑性におけるこの差異がin vivoでのそれらの異なる役割に寄与することを観察した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 三量体 ,  *モデル ,  柔軟性 ,  結合部位 ,  モンテカルロ法 ,  キャラクタリゼーション ,  塑性 ,  *分子動力学 ,  軌跡 ,  *計算機シミュレーション ,  *小角X線散乱 ,  *ユビキチン ,  *シミュレーション
準シソーラス用語： 低次元 ,  生体分子 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子間相互作用  (BH07020P)

タイトルに関連する用語 (7件)： 加速 ,  分子動力学シミュレーション ,  解析 ,  トリ ,  ユビキチン ,  SAXS ,  モデル