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J-GLOBAL ID：201902285703510023   整理番号：19A2308908

フラビウイルスウイルスにおける同義Codon使用Biasの分析【JST・京大機械翻訳】

Analysis of Synonymous Codon Usage Bias in Flaviviridae Virus

著者 (3件)： Yao Huipeng (College of Life Science, Sichuan Agriculture University, Ya’an 625014, Sichuan, China) ,  Chen Mengyu (College of Life Science, Sichuan Agriculture University, Ya’an 625014, Sichuan, China) ,  Tang Zizhong (College of Life Science, Sichuan Agriculture University, Ya’an 625014, Sichuan, China)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2019  ページ： Null  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景.フラビウイルス科ウイルスは,一本鎖のプラスセンスRNAウイルスであり,それは蚊,ダニ,および砂ハエによって絶えず媒介されるヒトに脅威を与える。家族ウイルスの罹患率の最近の増加とそのリスクの可能性を考慮して,著者らはその進化過程を理解するためにコドン使用パターンを調査し,ほとんどのフラビウイルス科ウイルスのための医薬品を開発するためのいくつかの有用なデータを提供する。結果.65のFlaviviridaeウイルスにおけるコドン使用バイアスの全体的範囲は低く,GC含有量の平均値は50.5%であり,最高値は55.9%であった。最低値は40.2%である。Flaviviridaeウイルス遺伝子のENC値は48.75から57.83に変化し,平均値は55.56であった。U-およびA-末端コドンはFlaviviridaeウイルスにおいて好まれる。相関分析は,3番目のヌクレオチド位置におけるENC値とGC含有量の間の正の相関が,この家族ウイルスにおいて有意であることを示している。ENC,中性プロット分析,および相関分析の結果は,すべてのウイルスのコドン使用バイアスが主に自然淘汰によって影響されたことを明らかにした。一方,RSCUと系統発生分析に基づく対応分析(CoA)によると,Flaviviridaeウイルスは主に2つのグループ,グループI(黄熱ウイルス,Apoウイルス,Tブウイルス,デングウイルス1,その他)とグループII(西ナイルウイルス系統2,日本脳炎ウイルス,Usutuウイルス,Kedougouウイルス,その他)で構成されている。結論:すべて,コドン使用パターンのバイアスは,組成制約だけでなく自然淘汰によっても影響を受ける。系統発生分析により,ウイルスのコドン利用バイアスはFlaviviridaeウイルスにおける進化分類の有効な手段として役立つことを示した。Copyright 2019 Huipeng Yao et al. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *フラビウイルス ,  ウイルス遺伝子 ,  自然淘汰 ,  フラビウイルス科 ,  罹患率 ,  ヒト ,  コドン ,  ヌクレオチド ,  バイアス
準シソーラス用語： 西ナイルウイルス ,  デングウイルス ,  系統解析 ,  相関分析 ,  *Bias ,  *Codon , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

引用文献 (24件)：

• M. Archetti, "Codon usage bias and mutation constraints reduce the level of error minimization of the genetic code," Journal of Molecular Evolution, vol. 59, no. 2, pp. 258-266, 2004.
• P. M. Sharp, T. M. F. Tuohy, K. R. Mosurski, "Codon usage in yeast: Cluster analysis clearly differentiates highly and lowly expressed genes," Nucleic Acids Research, vol. 14, no. 13, pp. 5125-5143, 1986.
• T. Lesnik, J. Solomovici, A. Deana, R. Ehrlich, C. Reiss, "Ribosome traffic in E. coli and regulation of gene expression," Journal of Theoretical Biology, vol. 202, no. 2, pp. 175-185, 2000.
• K. Szuhan, L. Yingray, L. Chingyen et al., "Dengue virus-induced ER stress is required for autophagy activation, viral replication, and pathogenesis both in vitro and in vivo," Scientific Reports, vol. 8, no. 1, 2018.
• L. R. Edgar, M. I. Salazar, M. J. Lopez, S. Juan, S. V. Alejandro, G. Xianwu, "Large-scale genomic analysis of codon usage in dengue virus and evaluation of its phylogenetic dependence," Biomed Research International, vol. 2014, pp. 9, 2014.

タイトルに関連する用語 (3件)： フラビウイルス ,  ウイルス ,  分析