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J-GLOBAL ID：201902286750889170   整理番号：19A0966031

全ゲノム再配列による局所および市販ニワトリにおける残留飼料摂取に関連したゲノム変異体の探索【JST・京大機械翻訳】

Exploring Genomic Variants Related to Residual Feed Intake in Local and Commercial Chickens by Whole Genomic Resequencing

著者 (26件)： Liu Jie (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Liu Jie (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Liu Ranran (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Liu Ranran (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Wang Jie (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Wang Jie (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Zhang Yonghong (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Zhang Yonghong (College of Animal Science, Jilin University, Changchun 130062, China) ,  Xing Siyuan (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Xing Siyuan (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Zheng Maiqing (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Zheng Maiqing (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Cui Huanxian (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Cui Huanxian (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Li Qinghe (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Li Qinghe (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Li Peng (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Li Peng (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Cui Xiaoyan (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Cui Xiaoyan (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Li Wei (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Li Wei (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Zhao Guiping (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Zhao Guiping (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China) ,  Wen Jie (Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China) ,  Wen Jie (State Key Laboratory of Animal Nutrition, Beijing 100193, China)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 9  号： 2  ページ： 57  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 飼料効率の改善は,生産コストを削減し,収益性を増加させるための家禽生産における主要な目標である。しかしながら,ニワトリにおける残留飼料摂取(RFI)に関与するゲノム変異体と可能な分子機構は,あまり理解されていない。本研究において,低RFI及び高RFIニワトリのゲノム再配列決定を行い,RFIの基礎となるゲノム変異体を解明した。結果は,低および高RFI Beijing-Youニワトリにおいて,それぞれ,8505,214および847,041の単一ヌクレオチド多型(SNP)が検出されたことを示した。低および高RFIコブ鶏において,それぞれ8,352,008および8372,769SNPが検出された。一連のフィルタリングプロセスを通して,Beijing-Youニワトリにおける1137の遺伝子に割り当てられた3746の候補SNPとコブのニワトリにおける575の候補SNP(448の遺伝子)が見つかった。選択された191のSNPの検証は,46のSNPが779のCobbニワトリの独立集団においてRFIと有意に関連していることを示し,全ゲノム配列決定(WGS)戦略と関連したSNPをスクリーニングする方法が合理的であることを示唆した。RFI関連遺伝子の機能アノテーションは,Beijing-Youにおける遺伝子が脂質および炭水化物代謝,ならびにホスファターゼおよびテンシン相同体(PTEN)シグナル伝達経路に富むことを示した。しかしながら,Cobbにおいて,RFI関連遺伝子は飼料行動過程とcAMP応答要素結合蛋白質(CREB)シグナル伝達経路に富んでいた。両品種について,組織発達生理学的過程は豊富であった。対応して,NOS1,PHKG1,NEU3およびPIP5K1BはBeijing-Youで差次的に発現したが,CDC42,CSK,PIK3R3,CAMK4およびPLCB4はCobbで異なって発現し,これらがRFIに寄与する重要な遺伝子であることを示唆した。本研究の結果はRFIに対する多数の新規SNPを同定し,RFIに対する遺伝的選択における利用のための候補バイオマーカーを提供した。本研究は,ニワトリにおけるRFIの基礎となるゲノム変異体および潜在的生物学的経路の知識を改善した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  脂質 ,  一塩基多型 ,  品種 ,  ホスファターゼ ,  糖質代謝 ,  バイオマーカー ,  *ゲノム ,  アノテーション ,  遺伝子
準シソーラス用語： 伝達経路 ,  テンシン ,  ゲノム配列 ,  分子機構 ,  *ゲノム再編成 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ゲノム再配列 ,  残留飼料摂取量 ,  ゲノム変異体 ,  バイオマーカー ,  ニワトリ

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (39件)：

• Ong, S.E. Whole proteomes as internal standards in quantitative proteomics. Genome Med. 2010, 2, 1-4.
• Koch, R.M.; Swiger, L.A.; Chambers, D.; Gregory, K.E. Efficiency of feed use in beef cattle. J. Anim. Sci. 1963, 22, 486-494.
• Lee, J. Molecular Basis of Feed Efficiency in Meat-Type Chickens. Ph.D. Thesis, University of Georgia, Athens, GA, USA, 2012.
• Do, D.N.; Ostersen, T.; Strathe, A.B.; Mark, T.; Jensen, J.; Kadarmideen, H.N. Genome-wide association and systems genetic analyses of residual feed intake, daily feed consumption, backfat and weight gain in pigs. BMC Genet. 2014, 15, 27.
• Tizioto, P.C.; Coutinho, L.L.; Decker, J.E.; Schnabel, R.D.; Rosa, K.O.; Oliveira, P.S.N.; Souza, M.M.; Mourao, G.B.; Tullio, R.R.; Chaves, A.S.; et al. Global liver gene expression differences in nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes. BMC Genom. 2015, 16, 242.

タイトルに関連する用語 (7件)： ゲノム再配列 ,  ニワトリ ,  残留 ,  飼料 ,  ゲノム ,  変異体 ,  探索