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J-GLOBAL ID：201902287641379113   整理番号：19A1407842

Rosettadockと組み合わせた小角X線散乱データはドッキングエネルギー景観を改善する【JST・京大機械翻訳】

Small-Angle X-ray Scattering Data in Combination with RosettaDock Improves the Docking Energy Landscape

著者 (6件)： Sonderby Pernille (Department of Chemistry, Technical University of Denmark, Denmark) ,  Rinnan Åsmund (Department of Food Science, Faculty of Science, University of Copenhagen, Denmark) ,  Madsen Jesper J. (Department of Chemistry, The University of Chicago, Illinois, United States) ,  Harris Pernille (Department of Chemistry, Technical University of Denmark, Denmark) ,  Bukrinski Jens T. (CMCassist ApS., Denmark) ,  Peters Guenther H. J. (Department of Chemistry, Technical University of Denmark, Denmark)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 10  ページ： 2463-2475  発行年： 2017年10月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RosetaDockプロトコルにおける制約として小角X線散乱(SAXS)データを用いることの相対的成功を評価するベンチマークを実行した。この目的のために,著者らは38の蛋白質複合体構造を選択し,プログラムCRYSOLを用いて蛋白質複合体の理論的SAXSデータを計算し,次いでSAXSデータを制約として用いた。さらに,結晶構造と実験的SAXSデータが利用できるいくつかの例を考察した。SAXS_制約を,初期の低分解能ドッキング段階におけるプロトコルに加え,SAXSデータによって課された形状制約を破る複合体の高速排除を可能にした。著者らの結果は,一般的にSAXS_制約の実施が可能性のある蛋白質-蛋白質複合体のサンプリング空間を有意に減少させ,実際には天然蛋白質複合体の発見の可能性を増加させることを示す。用いた方法は剛体ドッキングに基づいており,ドッキングパートナーの結合により,または小さな立体配座変化が起こる場合についての研究が行われている。より広い展望において,RosetaDock_SAXSの強度は,RosetaDockから得られた蛋白質-蛋白質相互作用エネルギーによるSAXS実験からの溶液中の蛋白質複合体に関する低分解能構造情報の組合せにあり,蛋白質-蛋白質複合体の未知三次元原子構造の予測を可能にした。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 高速度 ,  *ドッキング ,  複合体 ,  三次元 ,  形態 ,  剛体 ,  タンパク質複合体 ,  タンパク質 ,  ベンチマーク ,  配座転移 ,  *エネルギー ,  結晶構造 ,  原子構造
準シソーラス用語： 蛋白質間相互作用 ,  低分解能 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 小角X線散乱 ,  ドッキング ,  エネルギー ,  景観