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J-GLOBAL ID：201902288740017011   整理番号：19A1407870

移動プロトンによる古典的分子動力学【JST・京大機械翻訳】

Classical Molecular Dynamics with Mobile Protons

著者 (3件)： Lazaridis Themis (Department of Chemistry, City College of New York/CUNY, New York, United States) ,  Lazaridis Themis (Graduate Programs in Chemistry, Biochemistry & Physics, Graduate Center, City University of New York, New York, United States) ,  Hummer Gerhard (Department of Theoretical Biophysics, Max Planck Institute of Biophysics, Germany)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 11  ページ： 2833-2845  発行年： 2017年11月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 標準的な古典的分子動力学シミュレーションの重要な限界は,化学結合を作るかまたは破壊することができないことである。これは,化学反応の最も単純でさえあるプロトンの移動を含むプロセスを研究する能力を厳しく制限する。古典力学の文脈におけるプロトン移動を可能にする既存のアプローチは,むしろ厄介であり,広範な使用とルーチンの状態を達成しなかった。ここでは,周期的確率的プロトンホップと分子動力学の組合せを再考した。計算効率を保証するために,異なるプロトン化状態とプロトン移動速度の間の正しいあるいは望ましい熱力学的平衡を維持するために発見的に調整された非Boltzmann受容基準を提案した。ヒドロニウム,Asp,Glu,およびHisのパラメータを提案した。このアルゴリズムをプログラムCHARMMに実装し,バルク水とカーボンナノチューブにおけるプロトン拡散とグラミシジンAチャネルにおけるプロトン伝導度について試験した。バルク水におけるプロトン拡散から決定したホッピングパラメータを用いて,モデルはカーボンナノチューブにおける増強プロトン拡散率を再現し,グラミシジンAにおけるプロトン伝導率の妥当な推定を与えた。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 化学結合 ,  プロトン移動 ,  カーボンナノチューブ ,  Newton力学 ,  計算機シミュレーション ,  プロトン化 ,  *分子動力学 ,  ホッピング伝導 ,  *陽子 ,  拡散係数 ,  化学反応 ,  アルゴリズム ,  チャネル ,  ポリペプチド
準シソーラス用語： 計算効率 ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： グラミシジンA

タイトルに関連する用語 (2件)： プロトン ,  分子動力学