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J-GLOBAL ID：201902289137425202   整理番号：19A1806449

ゲノム酵素学 蛋白質ファミリー配列機能空間を活用するためのWebツールと新規機能発見のためのゲノム文脈【JST・京大機械翻訳】

Genomic Enzymology: Web Tools for Leveraging Protein Family Sequence-Function Space and Genome Context to Discover Novel Functions

著者 (1件)： Gerlt John A. (Departments of Biochemistry and Chemistry, Institute for Genomic Biology, University of Illinois, Illinois, United States)
資料名： Biochemistry  (Biochemistry)
巻： 56  号： 33  ページ： 4293-4308  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0270B  ISSN： 0006-2960  CODEN： BICHAW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質と核酸配列の指数的に増加する数は,新しい酵素,代謝経路と代謝産物/天然産物を発見する機会を提供し,生化学と生物学の知識に加える。挑戦は,利用可能な情報,すなわち「ゲノム酵素学」Webツールの利用可能性を統合し,活用するためのデータベースをマイニングするために,シーケンス情報を生成することから進化した。生合成遺伝子クラスタの同定を可能にするWebツールは天然物/合成生物学コミュニティにより広く使用されており,それにより新しい天然産物の発見とその生合成に関与する酵素を促進する。しかしながら,興味深い機構を持つ多くの新規酵素は,非特性化小分子代謝経路に関与する;それらの発見と機能的特性化は,蛋白質と核酸データベースにおける情報を活用することによっても達成できる。この研究は,新規な代謝経路の発見を支援する2つのゲノム酵素学的ウェブツールに焦点を当てている。(1)蛋白質ファミリーにおける配列-機能空間を可視化し,分析するための配列類似性ネットワークを生成するための酵素機能誘導酵素類似性ツール(EFI-EST),(2)微生物および真菌ゲノムにおけるゲノムコンテキストを可視化し分析するためのゲノム近傍ネットワークを生成するための酵素機能イニシアティブ-ゲノム近隣ツール(EFI-GNT)。両ツールは,酵素発見および機能的特性化のための標的選択を容易にするために,他の応用に適応されている。天然産物コミュニティが実証されているので,酵素学的コミュニティは,蛋白質とゲノム配列データベースを酵素学的問題への新しい洞察のために活用することを可能にするウェブツールの重要な役割を包含する必要がある。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： コミュニティ ,  小分子 ,  微生物 ,  *タンパク質 ,  ネットワーク ,  代謝経路 ,  *ゲノム ,  データベース ,  生合成 ,  キャラクタリゼーション ,  天然材料 ,  *Web【情報システム】 ,  ヌクレオチド配列 ,  可視化 ,  *酵素

分類 (1件)： 酵素生理  (EG03052C)

タイトルに関連する用語 (8件)： ゲノム ,  酵素学 ,  蛋白質ファミリー ,  活用 ,  Web ,  ツール ,  発見 ,  文脈