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J-GLOBAL ID：201902290021660969   整理番号：19A1804098

トリブリッド質量分析計における架橋ペプチドのフラグメンテーションを支配するパラメータの最適化【JST・京大機械翻訳】

Optimizing the Parameters Governing the Fragmentation of Cross-Linked Peptides in a Tribrid Mass Spectrometer

著者 (4件)： Kolbowski Lars (Chair of Bioanalytics, Institute of Biotechnology, Technische Universitaet Berlin, Germany) ,  Mendes Marta L. (Chair of Bioanalytics, Institute of Biotechnology, Technische Universitaet Berlin, Germany) ,  Rappsilber Juri (Chair of Bioanalytics, Institute of Biotechnology, Technische Universitaet Berlin, Germany) ,  Rappsilber Juri (Wellcome Trust Centre for Cell Biology, University of Edinburgh, United Kingdom)
資料名： Analytical Chemistry  (Analytical Chemistry)
巻： 89  号： 10  ページ： 5311-5318  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0395A  ISSN： 0003-2700  CODEN： ANCHAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： トリブリッド質量分析計で利用可能なフラグメンテーションの5つの異なる方法を比較し,架橋ペプチドの最適配列被覆率に関してそれらの衝突エネルギーを最適化した。3つのモデル蛋白質(ヒト血清アルブミン,クレアチンキナーゼ,ミオグロビン)のトリプシン消化物から誘導したビス-(スルホスクシンイミジル)-スベラート(BS3/DSS)架橋前駆体のライブラリーを作成した。これにより,5つのフラグメンテーション技術を用いた1065の架橋前駆体のフラグメンテーション挙動の徹底的な標的分析が可能になった。すなわち,衝突誘起解離(CID),ビーム型CID(HCD),電子移動解離(ETD),およびETciDとEThcDの組合せである。EThcDは高い電荷密度を有する架橋m/z種に対して最良の配列被覆率を与えたが,HCDは他の全てに対して最適であった。異なる複雑さ(8つの蛋白質と非常に複雑なリボソーム細胞画分の混合物)の2つの試料について,衝突エネルギー最適化単一法に対する結果として得られたデータ依存決定木を試験した。高複雑度サンプルに対して,決定木は5%偽発見率を通過する最も高い数の同定された架橋ペプチド対を与えた(2番目の最良のHCDより平均~21%多い)。中程度の複雑さサンプルに対して,HCDのより高い速度が決定的であることを証明した。現在,取得速度は線形ペプチドのバックグラウンドに対する架橋ペプチドの検出を可能にする重要な役割を果たしている。架橋ペプチドの濃縮はこの役割を減少させ,より高い品質のスペクトルを提供する方法を支持する。データは,識別子PXD006131によるProteomeX変化を介して利用可能である。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ペプチド ,  品質 ,  ミオグロビン ,  線形性 ,  被覆率 ,  *フラグメンテーション ,  *質量分析計 ,  リボソーム ,  前駆体 ,  衝突誘起解離 ,  *最適化 ,  ディシジョンツリー ,  スペクトル ,  衝突エネルギー
準シソーラス用語： 複雑性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 質量分析  (CC03013N)

タイトルに関連する用語 (6件)： 質量分析計 ,  架橋 ,  ペプチド ,  フラグメンテーション ,  パラメータ ,  最適化