文献

J-GLOBAL ID：201902292027697275   整理番号：19A1288304

比較ゲノムおよびトランスクリプトーム解析はPopulus系統発生における古気候変化に沿って遺伝子選択パターンを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative Genome and Transcriptome Analysis Reveals Gene Selection Patterns Along with the Paleo-Climate Change in the Populus Phylogeny

著者 (4件)： Zhao You-jie (College of Big Data and Intelligent Engineering, Southwest Forestry University, Kunming 650224, China) ,  Han Chang-zhi (Department of Science and Technology, Southwest Forestry University, Kunming 650224, China) ,  Cao Yong (College of Big Data and Intelligent Engineering, Southwest Forestry University, Kunming 650224, China) ,  Zhou Hua (College of Big Data and Intelligent Engineering, Southwest Forestry University, Kunming 650224, China)
資料名： Forests (Web)  (Forests (Web))
巻： 10  号： 2  ページ： 163  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7188A  ISSN： 1999-4907  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ポプラは北半球に広く分布し,異なる生活環境に対して良好な適応性を持っている。ゲノムおよびトランスクリプトームデータの蓄積は,Populus系統発生の進化パターンを解明するために,比較ゲノミクスおよびトランスクリプトーム解析を行う機会を提供する。8つのSalicaceae種の転写配列を,公共データベースからダウンロードした。これらの種における比較トランスクリプトーム解析により,すべての対オーソログを同定し,それから系統樹を構築し,分岐率を推定した。系統発生クレードの発散時間は中期中新世気候遷移(MMCT)の間に主に推定された。著者らはまた,陽性選択のすべての迅速進化配列を同定し,環境因子に関連するいくつかの耐性遺伝子を見出した。著者らの結果は,干ばつ-,H2O2-および寒冷ストレス遺伝子が古気候変化とともに正の選択に関与していることを示唆する。これらのデータは,Populus系統における進化パターンと種分化の原因を解明するのに有用である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  *遺伝子 ,  干ばつ ,  系統樹 ,  *気候 ,  データベース ,  *トランスクリプトーム ,  *系統発生 ,  寒冷ストレス ,  *古気候 ,  北半球 ,  *ハコヤナギ属
準シソーラス用語： クレード ,  オルソログ ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 古気候変化 ,  Populus属 ,  比較トランスクリプトーム ,  選択的進化

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (60件)：

• Tuskan, G.A.; DiFazio, S.; Jansson, S.; Bohlmann, J.; Grigoriev, I.; Hellsten, U.; Putnam, N.; Ralph, S.; Rombauts, S.; Salamov, A.; et al. The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray). Science 2006, 313, 1596-1604.
• Ma, T.; Wang, J.; Zhou, G.; Yue, Z.; Hu, Q.; Chen, Y.; Liu, B.; Qiu, Q.; Wang, Z.; Zhang, J.; et al. Genomic insights into salt adaptation in a desert poplar. Nat. Commun. 2013, 4, 2797.
• [Green Version] Yang, W.; Wang, K.; Zhang, J.; Ma, J.; Liu, J.; Ma, T. The draft genome sequence of a desert tree Populus pruinosa. Gigascience 2017, 6, gix075.
• Wang, Z.; Du, S.; Dayanandan, S.; Wang, D.; Zeng, Y.; Zhang, J. Phylogeny reconstruction and hybrid analysis of Populus (Salicaceae) based on nucleotide sequences of multiple single-copy nuclear genes and plastid fragments. PLoS ONE 2014, 9, e103645.
• Hamzeh, M.; Dayanandan, S. Phylogeny of Populus (Salicaceae) based on nucleotide sequences of chloroplast trnT-trnF region and nuclear rDNA. Am. J. Bot. 2004, 91, 1398-1408.

タイトルに関連する用語 (6件)： 比較ゲノム ,  トランスクリプトーム解析 ,  Populus ,  系統発生 ,  古気候 ,  遺伝子選択