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J-GLOBAL ID：201902292296257447   整理番号：19A2656187

Arabidopsis thalianaの多様な生態型におけるスプライシング量的形質遺伝子座(SQTLs)のゲノムワイド同定【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Identification of Splicing Quantitative Trait Loci (sQTLs) in Diverse Ecotypes of Arabidopsis thaliana

著者 (8件)： Khokhar Waqas (1School of Human and Life Sciences, Canterbury Christ Church University, Canterbury, United Kingdom) ,  Hassan Musa A. (2Division of Infection and Immunity, The Roslin Institute, University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom) ,  Hassan Musa A. (3Centre for Tropical Livestock Genetics and Health, University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom) ,  Reddy Anireddy S. N. (4Department of Biology and Program in Cell and Molecular Biology, Colorado State University, Fort Collins, CO, United States) ,  Chaudhary Saurabh (1School of Human and Life Sciences, Canterbury Christ Church University, Canterbury, United Kingdom) ,  Jabre Ibtissam (1School of Human and Life Sciences, Canterbury Christ Church University, Canterbury, United Kingdom) ,  Byrne Lee J. (1School of Human and Life Sciences, Canterbury Christ Church University, Canterbury, United Kingdom) ,  Syed Naeem H. (1School of Human and Life Sciences, Canterbury Christ Church University, Canterbury, United Kingdom)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 10  ページ： 1160  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プレmRNAの選択的スプライシング(AS)はトランスクリプトーム多様性に寄与し,異なる発生段階及び環境変化の間に単一遺伝子及び/又は微調整遺伝子発現から異なる蛋白質イソ型を生成する植物を可能にする。ASは普及しているが,植物における異なるイソ型利用の遺伝的基礎は依然として出現している。本研究では,異なるASを調節する可能性のあるゲノム領域[スプライシング量的形質遺伝子座(sQTL)]を同定するために,Arabidopsis thalianaの666地理的に分布した多様な生態型における全ゲノム解析を行った。これらの生態型は異なる微気候条件に属し,残存および非残存個体群の一部である。sQTLはゲノム全体に広がっていたが,染色体上のトランス-sQTL(トランス-sQTLホットスポット)の濃縮を観察した。さらに,Arabidopsis全ゲノム関連研究(AraGWAS)において同定されたtrait結合単一ヌクレオチド多型(SNP)と共局在するいくつかのsQTL(911)を同定した。多くのsQTLは概日時計,開花およびストレス応答遺伝子の間で富化されており,Arabidopsisの多様な生態型におけるこれらの重要な過程の調節における異なるイソ型利用の役割を示唆している。結論として,本研究はイソ型比率/遺伝子に影響するSNPへの深い洞察を提供し,GWAS研究におけるtrait関連SNPのより良い機構的理解を促進する。著者らの知る限りでは,これはArabidopsis生態型の大きなセットにおけるsQTL分析の最初の報告であり,アブラナ科ファミリーにおけるsQTL分析を実行するための参照として使用できる。全ゲノムとトランスクリプトームのデータセットはこれらの多様な生態型に利用可能であるので,それはより弾力的で高収率の作物品種を生産する助けとなるために,trait関連遺伝子座の生物学的解釈,スプライスアイソフォーム比,およびそれらの表現型の結果に対する強力な資源として役立つ可能性がある。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノムワイド関連解析 ,  品種 ,  *Arabidopsis thaliana ,  *Arabidopsis ,  一塩基多型 ,  *遺伝子 ,  *遺伝 ,  農作物 ,  トランスクリプトーム ,  *ゲノム ,  mRNA
準シソーラス用語： 概日時計 ,  全ゲノム解析 ,  アイソフォーム ,  *生態型 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 量的形質遺伝子座(SQTL)のスプライシング ,  Arabidopsis thaliana ,  選択的スプライシング ,  アイソフォーム使用 ,  GWAS ,  適応

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (87件)：

• Adams S., Grundy J., Veflingstad S. R., Dyer N. P., Hannah M. A., Ott S., et al. (2018). Circadian control of abscisic acid biosynthesis and signalling pathways revealed by genome-wide analysis of LHY binding targets. New Phytol. 220 (3), 893-907. doi: doi: 10.1111/nph.15415
• Alamancos G. P., Pagès A., Trincado J. L., Bellora N., Eyras E. (2015). Leveraging transcript quantification for fast computation of alternative splicing profiles. RNA 21, 1521-1531. doi: doi: 10.1261/rna.051557.115
• Alamancos G., Pagès A., Trincado J., Bellora N. (2014). SUPPA: a super-fast pipeline for alternative splicing analysis from RNA-Seq. bioRxiv 008763. doi: doi: 10.1101/008763
• Alonso-Blanco C., Andrade J., Becker C., Bemm F., Bergelson J., Borgwardt K. M., et al. (2016). 1,135 Genomes reveal the global pattern of polymorphism in Arabidopsis thaliana. Cell 166, 481-491. doi: doi: 10.1016/j.cell.2016.05.063
• Andrews S. (2010). FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. doi: 10.1016/j.cell.2016.05.063

タイトルに関連する用語 (6件)： Arabidopsis ,  生態型 ,  スプライシング ,  量的形質遺伝子座 ,  ゲノム ,  同定