特許
J-GLOBAL ID：201903012291167404
ヒトゲノムDNA検出方法
発明者：
,
出願人/特許権者：
代理人 (10件)：
廣田 雅紀
, 小澤 誠次
, 東海 裕作
, 松田 一弘
, 松橋 泰典
, 堀内 真
, 山内 正子
, 園元 修一
, 山村 昭裕
, 富田 博行
公報種別：再公表公報
出願番号（国際出願番号）：JP2017042943
公開番号（公開出願番号）：WO2018-101375
出願日： 2017年11月30日
公開日（公表日）： 2018年06月07日
要約：
被験試料中のヒトゲノムDNAを高感度に検出及び/又は定量する方法を提供すること。 46のヒトAluサブファミリーのコンセンサス配列を代表する一つの「ヒトAluモデル配列」を同定し、このヒトAluモデル配列を用いてAlu検出用PCRプライマー・プローブ候補を選択する。次に、ヒトAlu配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列であって、且つ、ダイマーの形成を最小限に抑え得るオリゴヌクレオチド配列からなるプライマー・プローブセットを、独自のクライテリアを用いて選択する。このようにして得られたAlu検出用PCRプライマー・プローブを用いて定量リアルタイムPCRを行うことにより、被験試料中のヒトゲノムDNAを高感度に検出及び/又は定量することができる。
請求項（抜粋）：
配列番号4に示されるヌクレオチド配列からなるヒトAluモデル配列の一部又は全部の領域を増幅することができるフォワードプライマー群及びリバースプライマー群から、以下のクライテリア1’〜7’を満たすフォワードプライマー及びリバースプライマーを選択する工程A’を含む、ヒトAlu検出用PCRプライマー対の設計方法;
[クライテリア1’]フォワードプライマー及びリバースプライマー中の連続した17以上のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列が、非ヒト生物からなる群から選択される1種又は2種以上のゲノムDNAのヌクレオチド配列中に2ヶ所以上存在しない;
[クライテリア2’]フォワードプライマー及びリバースプライマーのヌクレオチド長がそれぞれ18以上である;
[クライテリア3’]少なくともプライマーの5’末端又は3’末端のヌクレオチドがG又はCであり、プライマーの5’末端がG又はCでない場合は、5’末端から2番目のヌクレオチドがG又はCであり、プライマーの3’末端がG又はCでない場合は、3’末端から2番目のヌクレオチドがG又はCである;
[クライテリア4’]プライマーの3’末端から3番目までのヌクレオチド(3’末端から1〜3番目のヌクレオチド)のうちの、少なくとも1つがA又はTである;
[クライテリア5’]フォワードプライマー同士、及びリバースプライマー同士の二分子間において、いずれか一方の分子の3’末端から3番目までのヌクレオチド配列(3’末端から1〜3番目のヌクレオチド配列)と相補的なヌクレオチド配列を、もう一方の分子が含まない;
[クライテリア6’]フォワードプライマー同士、リバースプライマー同士、及びフォワードプライマーとリバースプライマーの二分子間において、いずれか一方の分子に含まれる連続する5ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を、もう一方の分子が含まない;
[クライテリア7’]フォワードプライマー同士、及びリバースプライマー同士の二分子間において、いずれか一方の分子に含まれるG又はCからなる連続する4ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を、もう一方の分子が含まない;
IPC (1件)：
FI (1件)：
Fターム (10件)：
4B063QA01
, 4B063QA18
, 4B063QQ02
, 4B063QQ42
, 4B063QR32
, 4B063QR55
, 4B063QR62
, 4B063QS25
, 4B063QS34
, 4B063QS36
