研究者
J-GLOBAL ID:202001002716475785
更新日: 2024年03月21日
徳久 淳師
トクヒサ アツシ | Tokuhisa Atsushi
所属機関・部署:
職名:
上級研究員
研究分野 (5件):
計測工学
, 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理
, 生命、健康、医療情報学
, 計算科学
, 生物物理学
研究キーワード (3件):
計算創薬
, 単粒子構造解析
, 計算構造生物学
競争的資金等の研究課題 (10件):
- 2020 - 2021 hp200053 テンプレートマッチング法による生体分子構造 多形解析のための統合ワークフロー開発
- 2019 - 2020 hp190105 クロマチン高次構造解析を目的としたAIを活用したXFELテンプレートマッチング法の高度化
- 2018 - 2019 hp180123 創薬応用を目指した テンプレートマッチング法によるクロマチン構多形解析に関する研究
- 2017 - 分子シミュレーションに基づくゲノム医療・ゲノム創薬基盤の構築
- 2014 - 2017 X線単粒子構造解析の礎となる信号雑音比の悪い回折像の類似性判定に関する研究
- 2014 - 2015 hp140121 構造モデルと回折像パターンマッチングによる新しい X 線単粒子構造解析法の検証
- 2012 - 2014 SACLAと京の融合利用による生体超分子の立体構造解析技術の開拓
- 2010 - 2013 X線自由電子レーザーを用いた生体分子系単粒子イメージングの実現に向けた理論研究
- 2006 - 2011 生体分子の立体構造決定に向けたシミュレーションに関する研究開発
- 2005 - 2006 基質結合による蛋白質ダイナミクス変化の解明:計算科学的手法を用いた中性子散乱プロファイルの予測
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論文 (29件):
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Atsushi Tokuhisa, Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Yasushi Okuno. PaStEL: Generator of Pathways with Structural Change on Pseudo Free-Energy Landscape from CryoEM Images. 2024
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Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Journal of Chemical Theory and Computation. 2024. 20. 1. 7-17
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Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Yuhei Umeda, Yasushi Okuno, Akira Nakagawa. An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway. MICCAI (1). 2023. 14220 LNCS. 394-404
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Yosuke Oyama, Akihiro Tabuchi, Atsushi Tokuhisa. Accelerating AlphaFold2 Inference of Protein Three-Dimensional Structure on the Supercomputer Fugaku. FlexScience@HPDC. 2023. 1-9
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Ryo Kanada, Kei Terayama, Atsushi Tokuhisa, Shigeyuki Matsumoto, Yasushi Okuno. Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics. Journal of Chemical Theory and Computation. 2022. 18. 4. 2062-2074
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MISC (26件):
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佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳. 深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
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宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳. AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
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馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, et al. 3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2019. 47th (CD-ROM)
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中野美紀, 宮下治, JONIC Slavica, 徳久淳師, TAMA Florence, TAMA Florence, TAMA Florence. シミュレーションデータを用いたX線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元プロトコル. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2018. 73. 1. 3078-3078
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中野美紀, 宮下治, JONIC Slavica, 徳久淳師, TAMA Florence, TAMA Florence. X線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2016. 71. 1. 3179-3179
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書籍 (3件):
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クライオ電子顕微鏡ハンドブック = Handbook of cryo-electron microscopy
エヌ・ティー・エス 2023 ISBN:9784860438043
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AI導入によるバイオテクノロジーの発展
シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313153
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in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術
技術情報協会 2018 ISBN:9784861046889
講演・口頭発表等 (56件):
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機械学習による単粒子X 線回折像の改善
(第58回日本生物物理学会年会 2020)
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深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測
(第19回 日本蛋白質科学会年会 第71回 日本細胞生物学会大会 合同年次大会 2020)
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創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究
(第6回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会 2019)
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実験とシミュレーションの融合による生体高分子構造多形推定法の開発
(VINAS Users Conference 2019 2019)
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2次元テンプレートマッチング法によるクロマチン構造多型解析への挑戦
(第57回日本生物物理学会年会 2019)
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学歴 (4件):
- 2004 - 2007 奈良先端科学技術大学院大学 物質創成科学研究科博士課程
- 2002 - 2004 奈良先端科学技術大学院大学 物質創成科学研究科修士課程
- 1998 - 2002 三重大学 工学部 物理工学科
- 1993 - 大学入試資格検定試験合格
学位 (1件):
経歴 (10件):
- 2021/04 - 現在 特定国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター HPCI/AI駆動型医薬プラットフォーム部門 バイオメディカル計算知能ユニット 上級研究員
- 2020/04 - 2021/03 特定国立研究開発法人理化学研究所 医科学イノベーションハブ推進プログラム(MIH)医薬プロセス最適化プラットフォーム推進グループ 上級研究員
- 2017/05 - 2021/03 特定国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター・研究部門・量子系分子科学研究 チーム 研究員
- 2017/04 - 2020/03 理化学研究所 科学技術ハブ推進本部・健康生き活き羅針盤リサーチコ ンプレックス推進プログラム・健康羅針盤チーム 研究員
- 2013/04 - 2017/03 理化学研究所 計算科学研究機構・研究部門・計算構造生物学研究ユ ニット 研究員
- 2010/04 - 2013 理化学研究所 播磨研究所・放射光科学研究センター・XFEL研究開発部 門 ・ビームライン研究開発グループ・データ処理系開発チーム 基礎科学特別研究員
- 2007/04 - 2010/03 日本原子力研究開発機構 量子ビーム応用研究部門 博士研究員
- 2006/04 - 2007/03 日本原子力研究開発機構 生体分子シミュレーション研究グループ 特別研究生
- 2004/04 - 2006/03 日本原子力研究所 生体物質機能解析グループ 特別研究生
- 2003/08 - 2004/03 日本原子力研究所 生体物質機能解析グループ 学生実習生
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受賞 (4件):
- 2020/12 - 量子生命科学会 優秀発表賞 量子生命科学会第2回大会 創薬応用を目指したテンプレートマッチングによる生体分子構造多形評価法の開発
- 2019/11 - 一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST) 第6回HPCI報告会優秀成果賞 hp180123「創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究」
- 2019/10 - 情報計算化学生物学会 優秀ポスター賞 Validation of protein structure from low resolution density map using Deep Learning
- 2012/05 - (IUCr) International Union of Crystallography Acta Crystallographica Section A, Highlighted Article “Classifying and assembling two-dimensional X-ray laser diffraction patterns of a single particle to reconstruct the three-dimensional diffraction intensity function: resolution limit due to the quantum noise” Tokuhisa A., Taka J., Kono H. and Go N. Acta Crystallographica A, 68, 336-381 (2012)
所属学会 (1件):
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