研究者
J-GLOBAL ID：202001005862920480   更新日: 2024年04月18日

中前 和恭

ナカマエ カズキ | Nakamae Kazuki
所属機関・部署：
広島大学 ゲノム編集イノベーションセンター

広島大学 ゲノム編集イノベーションセンター について


職名： 共同研究講座助教
その他の所属（所属・部署名・職名） (1件)：
  • プラチナバイオ株式会社  研究開発部   主任研究員
研究分野 (2件)： ゲノム生物学 ,  システムゲノム科学
研究キーワード (7件)： Off-target ,  RNA-seq ,  Prime Editing ,  変異アンプリコンシーケンス解析 ,  遺伝子ノックイン設計 ,  CRISPR ,  ゲノム編集
競争的資金等の研究課題 (3件)：
  • 2021 - 2023 パーソナルゲノム治療にむけたPrime Editingゲノム編集データベース構築
  • 2023 - 2023 ROIS-DS-JOINT 2023:Joint Research Program/一般共同研究
  • 2022 - 2022 ROIS-DS-JOINT 2022:Joint Research Program/一般共同研究
論文 (5件)：
  • Kazuki Nakamae, Saya Ide, Nagaki Ohnuki, Yoshiko Nakagawa, Keisuke Okuhara, Hidemasa Bono. PtWAVE: A High-Sensitive deconvolution software of sequencing trace for the Detection of Large Indels in Genome Editing. 2024
  • Kazuki Nakamae, Hidemasa Bono. DANGER analysis: risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome. Bioinformatics Advances. 2023. 3. 1. vbad114
  • Kazuki Nakamae, Hidemasa Bono. Genome editing and bioinformatics. Gene and Genome Editing. 2022. 100018-100018
  • Shota Nakade, Keiji Mochida, Atsushi Kunii, Kazuki Nakamae, Tomomi Aida, Kohichi Tanaka, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto. Biased genome editing using the local accumulation of DSB repair molecules system. Nature communications. 2018. 9. 1. 3270-3270
  • Kazuki Nakamae, Yuki Nishimura, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Hiroshi Ide, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto. Establishment of expanded and streamlined pipeline of PITCh knock-in - a web-based design tool for MMEJ-mediated gene knock-in, PITCh designer, and the variations of PITCh, PITCh-TG and PITCh-KIKO. Bioengineered. 2017. 8. 3. 302-308
MISC (3件)：
  • Kazuki Nakamae, Taro Kakuzaki, Kentaro Yamamoto. Machine learning of transcriptome data treated with DNA base editor. BioHackrXiv. 2023
  • Shota Nakade, Kazuki Nakamae, Tzu-Chieh Tang, Dou Yu, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Timothy K. Lu. Frame Editors for Precise, Template-Free Frameshifting. bioRxiv. 2022
  • Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Takashi Yamamoto, Tetsushi Sakuma. Detailed profiling with MaChIAto reveals various genomic and epigenomic features affecting the efficacy of knock-out, short homology-based knock-in and Prime Editing. bioRxiv. 2022
書籍 (3件)：
  • バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤
    羊土社 2022 ISBN:9784758104067
  • みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう
    羊土社 2021
  • ゲノム編集実験スタンダード : 完全版 : CRISPR-Cas9の設計・作製と各生物種でのプロトコールを徹底解説
    羊土社 2019 ISBN:9784758122443
講演・口頭発表等 (18件)：
  • [1AS-17-03]ゲノム編集の安全性評価ソフトウェアの開発〜安心してゲノム育種に取り組める社会を目指して
    (第46回日本分子生物学会年会 2023)
  • Computational Resources for Industrial Application of Genome Editing
    (JAACT2023 2023)
  • Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair
    (PAG30 2023)
  • PITCh Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair
    (PAG30 2023)
  • Sequence-based parameters contributing to the efficiency and accuracy of MMEJ-assisted knock-in and Prime Editing
    (FASEB: The Genome Engineering Conference: Cutting-edge Research and Applications 2022)
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Works (4件)：
  • DANGER analysis
    中前 和恭 2023 - 現在
  • Genome Editing Software Guide
    中前和恭 2022 - 現在
  • MaChIAto
    中前和恭 2022 - 現在
  • PITCh designer
    中前和恭 2017 - 現在
学歴 (1件)：
  • 2017 - 2020 広島大学 大学院理学研究科 数理分子生命理学専攻
経歴 (3件)：
  • 2022/04 - 現在 広島大学 ゲノム編集イノベーションセンター 共同研究講座助教
  • 2020/04 - 現在 プラチナバイオ株式会社 主任研究員
  • 2020/04 - 2022/03 広島大学 ゲノム編集イノベーションセンター 研究員
委員歴 (1件)：
  • 2022/07 - 現在 (社)日本ゲノム編集学会 教育実習委員会委員
受賞 (1件)：
  • 2023/06 - 日本ゲノム編集学会 第8回大会 ポスター賞 研究員・ポスドクの部 DANGER Analysis:表現型への影響を評価する新規オフターゲット解析ツール
所属学会 (2件)：
日本分子生物学会 ,  日本ゲノム編集学会
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