- 2024 - 2027 HFLACの有用な分子を抽出するためのネットワーク解析法の確立
- 2022 - 2026 腸内pathobiontを標的としたファージ療法開発のための基盤研究
- 2022 - 2025 時空間内包型数理的解析手法によるがん細胞のクロナリティの新たな理解
- 2021 - 2024 疾患メタゲノム解析による腸内微生物叢の臓器機能評価のための情報基盤技術の開発
- 2021 - 2024 全ゲノム-マルチオミクス情報に基づく日本型有毛白血病の分子病態解明と標的治療開発
- 2020 - 2023 がん微小環境情報を考慮したがんゲノム解析モデルの開発
- 2018 - 2022 エネルギー代謝ネットワーク異常による疾患の分子基盤解明
- 2018 - 2021 肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明
- 2018 - 2021 ベイズモデルによるがんと免疫のシステム的統合理解と免疫逃避機構の解明
- 2015 - 2020 スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索
- 2015 - 2020 大規模複雑データの理論と方法論の総合的研究
- 2015 - 2018 階層ベイズによる高多様性領域HLAゲノムシークエンス解析法の開発
- 2013 - 2016 パーソナルゲノム医療に向けたメディカルインフォマティクスの情報基盤研究
- 2012 - 2015 オミックス解析とシステム数理科学による漢方薬効の統合理解
- 2010 - 2015 計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成
- 2011 - 2013 統計数理モデリングに基づく感染症拡大予測と科学的政策決定
- 2010 - 2012 ネットワーク解析による薬剤応答パスウェイの解析法の研究
- 2010 - 2012 生体内分子ネットワークに基づく大規模がんゲノムデータ解析の方法論の研究
- 2008 - 2010 超高次元複雑ヘテロデータ解析に基づく柔軟かつ頑健な非線形統計的モデリングの研究
- 2008 - 2010 確率ネットワークモデルに基づく高次情報バイオマーカー探索多変量統計手法の開発
- 2007 - 2009 大規模変数次元データの因果構造マイニング手法開発と遺伝子機能関係知識ベースの作成
- 2005 - 2009 イン・シリコ生命ネットワーク構築のための遺伝子ネットワーク推定とシミュレーション
- 2006 - 2008 遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術
- 2005 - 2008 階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究
- 2005 - 2007 ベイズ型統計モデルによる複数異種形式データ解析の理論と方法論の研究
- 2003 - 2005 プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け
- 2003 - 2004 高次元データによる複雑非線形現象解明のための柔軟な統計モデルの理論・方法論の研究
- 2003 - 2004 遺伝子ネットワーク解析のための情報技術に関する研究
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