西川洋平

ニシカワヨウヘイ | Nishikawa Yohei

所属機関・部署：
職名：研究員
その他の所属（所属・部署名・職名） (1件)：

早稲田大学ナノ・ライフ創新研究機構

研究分野 (1件)：応用微生物学

研究キーワード (5件)：マイクロフルイディクス , ファージ , 環境微生物 , ゲノム解析 , シングルセル

競争的資金等の研究課題 (10件)：

2023 - 2026 キャリアとなる細菌・ウイルスに着目した下水処理工程における薬剤耐性遺伝子の動態
2023 - 2026 一細胞ドロップレット技術による難培養性抗酸菌/薬剤耐性菌のpathogenomics解析
2023 - 2025 根圏ウイルスの機能解析に向けた微量土壌からのウイルス1粒子ゲノム解析技術の開発
2022 - 2025 日本海溝乱泥流物質供給システムと超深海・海底下微生物生態系との広域時空相関の解明
2020 - 2025 土壌微生物叢アトラスに基づいた環境制御による循環型協生農業プラットフォーム構築

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論文 (32件)：

Yohei Nishikawa, Ryota Wagatsuma, Yuko Tsukada, Lin Chia-ling, Rieka Chijiiwa, Masahito Hosokawa, Haruko Takeyama. Large-scale single-virus genomics uncovers hidden diversity of river water viruses and diversified gene profiles. The ISME Journal. 2024
Masako Kifushi, Yohei Nishikawa, Masahito Hosokawa, Keigo Ide, Masato Kogawa, Toyoaki Anai, Haruko Takeyama. Analysis of microbial dynamics in the soybean root-associated environments from community to single-cell levels. Journal of Bioscience and Bioengineering. 2024
Kana Jitsuno, Tatsuhiko Hoshino, Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Katsuhiko Mineta, Michael Strasser, Ken Ikehara, Jeremy Everes, Lena Maeda, Fumio Inagaki, et al. Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere. mSphere. 2024
Masahito Hosokawa, Yohei Nishikawa. Tools for microbial single-cell genomics for obtaining uncultured microbial genomes. Biophysical Reviews. 2023
Hiroshi Arai, Hisashi Anbutsu, Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Kazuo Ishii, Masahito Hosokawa, Shiou-Ruei Lin, Masatoshi Ueda, Madoka Nakai, Yasuhisa Kunimi, et al. Combined actions of bacteriophage-encoded genes in Wolbachia-induced male lethality. iScience. 2023. 26. 6. 106842-106842

MISC (8件)：

實野佳奈, 西川洋平, 星野辰彦, 稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子. 日本海溝に生息する超深海微生物群の遺伝的機能の解明. マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集. 2023. 23rd
田中周平, 實野佳奈, 實野佳奈, 星野辰彦, 西川洋平, 西川洋平, 竹山春子, 竹山春子, 稲垣史生. 日本海溝における底質柱状試料中の微小マイクロプラスチックの存在実態調査. 日本水環境学会シンポジウム講演集. 2023. 26th
星野仁彦, 吉田光範, 西川洋平, 鈴木仁人, 深野華子, 竹山春子, 鈴木敏彦. 微生物群集の構造と動態の理解シングルセルゲノミクスによる環境微生物相の分布調査(Understanding microbial community structures and dynamics A distribution survey of environmental microbiome by single-cell genomics). 日本細菌学雑誌. 2022. 77. 1. 17-17
實野佳奈, 實野佳奈, 西川洋平, 西川洋平, 小川雅人, 星野辰彦, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, et al. ゲノム情報を用いた日本海溝の海底微生物の多様性と機能の解明. 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web). 2022. 2022
細川正人, 西川洋平, 竹山春子. 難培養微生物を対象としたシングルセルゲノミクスの課題と展望 (特集細菌叢解析の光と影) -- (ゲノム進化・メタゲノム). 生体の科学. 2017. 68. 2. 150-154

特許 (3件)：

シングルセル解析を行う方法およびそのための装置
シングルセル解析を行う方法およびそのための装置
シングルセル解析を行う方法およびそのための装置

書籍 (5件)：

バイオサイエンスとインダストリー. Vol.82 No.2
バイオインダストリー協会 2024
海の生物と環境をどう守るか
西日本出版社 2022 ISBN:9784908443442
シングルセル解析の新たな可能性
北隆館 2021
環境細菌のシングルセルゲノム解析 : 微小液滴を用いたゲノム解析手法とその応用例
2020
バイオイノベーションに向けて : バイオテクノロジーの新技術からの新しい視点
シーエムシー出版 2019 ISBN:9784781314112

講演・口頭発表等 (49件)：

Single-virus genomics of environmental DNA viruses reveals genomic micro-diversities
(UQ-Waseda University Joint Symposium 2024)
土壌微生物叢アトラスに基づいた環境制御による循環型協生農業プラットフォーム構築
(ムーンショット早稲田デー「わが国の破壊的イノベーションを先導するためには何をすべきか?」 2024)
環境細菌・ファージの機能解明に向けた 1細胞・1粒子ゲノム解析技術の開発と応用
(日本微生物生態学会第36回浜松大会 2023)
微生物・ウイルスを対象としたシングルセルゲノム解析
(BioJapan2023 2023)
Comprehensive Analysis of Phage Diversity in Suruga Bay, Japan, through droplet-based Single-Virus Genomics
(13th Asia Pacific Marine Biotechnology Conference (APMBC) 2023)

学歴 (2件)：

2014 - 2016 早稲田大学大学院先進理工学研究科生命医科学専攻
2010 - 2014 早稲田大学先進理工学部生命医科学科

学位 (1件)：

工学 (Engineering) (早稲田大学)

経歴 (4件)：

2022/10 - 現在国立研究開発法人産業技術総合研究所産総研・早大 CBBD-OIL 研究員
2021/04 - 現在早稲田大学ナノ・ライフ創新研究機構次席研究員
2019/04 - 2021/03 国立研究開発法人産業技術総合研究所産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ
2016/04 - 2019/03 独立行政法人日本学術振興会

受賞 (2件)：

2024/08 - 日本生物工学会日本生物工学会東日本支部長賞環境微生物・ファージを対象とした 1 細胞・1 粒子レベルでのハイスループットかつ高精度なゲノム解析技術の開発と応用
2016/09 - 日本生物工学会第5回生物工学学生優秀賞(飛翔賞) マイクロドロップレットによる単一微生物からの効率的な全ゲノム増幅法の開発

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西川 洋平

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