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J-GLOBAL ID：202002211262797207   整理番号：20A1034495

自然ゲノムの再配列距離の計算【JST・京大機械翻訳】

Computing the Rearrangement Distance of Natural Genomes

著者 (4件)： Bohnenkaemper Leonard (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Braga Marilia D. V. (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Doerr Daniel (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Stoye Jens (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 12074  ページ： 3-18  発行年： 2020年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム距離の計算は,過去25年間の計算比較ゲノミクスの非常に活発な分野であった。実質的な結果には,1995年のHannenhalliとPevznerによるインバージョン距離の多項式時間計算可能性と2005年のYancopoulos,AttieとFriedbergによる二重カットと結合(Dcj)距離の導入が含まれている。しかしながら,両結果は,比較下のゲノムが同じセットのユニークなマーカーを含むという仮定に依存している。2015年には,Shao,Lin,およびmoretは,この条件を分析における重複マーカーを可能にすることによって緩和する。ゲノム距離問題のこの一般化版はNP困難であり,それらは実世界のデータセットに適用するのに十分な効率的なILP解を与える。それらのアプローチの制限は,それがバランスのとれたゲノムにのみ適用できることである。これは,任意のマーカーの重複数が等しい。したがって,不平衡マーカーの過剰コピーが除去されなければならない入力データの微妙な前処理が必要である。本論文では,自然ゲノムに対するゲノム距離問題を解くアルゴリズムを提示した。そこでは,任意の数の時間で任意のマーカーが生じる可能性がある。著者らの方法は,新しいグラフデータ構造に基づいており,多重関係図,ShaoによるILPのエレガントな拡張を可能にし,他に関して1つのゲノムにおいて過小または過剰に表現されるマーカーの計数を行い,それぞれ挿入または削除する必要がある。この拡張により,ゲノム構成に関する以前の制約が浮上し,最初に,非妥協再配列解析を可能にした。距離計算には任意のマーカシーケンスを直接用いることができる。著者らのアプローチの評価により,それを用いて数万個のマーカーまでのゲノムを分析することができることを示し,シミュレーションおよび実データについて実証した。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  データ構造 ,  前処理 ,  非平衡状態 ,  *ゲノム ,  計算可能性 ,  多重化 ,  NP困難
準シソーラス用語： 配列解析 ,  多項式時間 ,  比較ゲノミクス ,  距離計算 ,  ゲノム構造 ,  入力データ ,  再配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 比較ゲノミクス ,  ゲノム再配列 ,  DCJ-INDEL距離

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム ,  再配列 ,  計算