文献

J-GLOBAL ID：202002211785877775   整理番号：20A0824429

2つの良く定義されたが構造的に分岐する折畳みを採用する密接に関連した蛋白質の計算設計【JST・京大機械翻訳】

Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds

著者 (21件)： Wei Kathy Y. (aDepartment of Biochemistry, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Wei Kathy Y. (bInstitute for Protein Design, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Wei Kathy Y. (cDepartment of Bioengineering, University of California, Berkeley, CA 94720;) ,  Moschidi Danai (dDepartment of Chemistry and Biochemistry, University of California, Santa Cruz, CA 95064;) ,  Bick Matthew J. (aDepartment of Biochemistry, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Bick Matthew J. (bInstitute for Protein Design, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Nerli Santrupti (dDepartment of Chemistry and Biochemistry, University of California, Santa Cruz, CA 95064;) ,  Nerli Santrupti (eDepartment of Computer Science, University of California, Santa Cruz, CA 95064;) ,  McShan Andrew C. (dDepartment of Chemistry and Biochemistry, University of California, Santa Cruz, CA 95064;) ,  Carter Lauren P. (bInstitute for Protein Design, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Huang Po-Ssu (fDepartment of Bioengineering, Stanford University, Stanford, CA 94305;) ,  Fletcher Daniel A. (cDepartment of Bioengineering, University of California, Berkeley, CA 94720;) ,  Fletcher Daniel A. (gJoint UC Berkeley-UC San Francisco Graduate Group in Bioengineering, Berkeley, CA 94720;) ,  Fletcher Daniel A. (hDivision of Biological Systems and Engineering, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 94720;) ,  Fletcher Daniel A. (iChan Zuckerberg Biohub, San Francisco, CA 94158;) ,  Sgourakis Nikolaos G. (dDepartment of Chemistry and Biochemistry, University of California, Santa Cruz, CA 95064;) ,  Boyken Scott E. (aDepartment of Biochemistry, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Boyken Scott E. (bInstitute for Protein Design, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Baker David (aDepartment of Biochemistry, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Baker David (bInstitute for Protein Design, University of Washington, Seattle, WA 98195;) ,  Baker David (jHoward Hughes Medical Institute, University of Washington, Seattle, WA 98195)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 117  号： 13  ページ： 7208-7215  発行年： 2020年 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 自然に発生する蛋白質構造の可塑性は,環境条件の変化に応じて形状を大きく変化させることができ,生物学的機能にとって重要である。一方,計算法は,深い自由エネルギー最小[P.-S.Huang,S.E. Boyken,D.Baker,Nature537,320-327(2016)]で単一状態に折畳まれた蛋白質のde novo設計に使用されている。また,構造的に分岐した構造を持つ密接に関連した配列のde novo設計は優れた課題である。ウイルス融合蛋白質の立体配座転移の短い(~66Åの高さ)と他の長い(~100Åの高さ)の2つの非常に異なるホモトリメリックヘリックス束を採用することができる密接に関連した配列(94%以上の同一性)を設計した。結晶学的及びNMR分光学的特性化は,短及び長状態配列の両方が設計通りに折畳まれることを示した。両状態が接近可能な双安定配列を設計し,測定条件に依存して短い状態または長い状態のどちらかを占有する単一設計蛋白質配列を得た。2つの非常に異なる立体配座を採用するために準備された配列の設計は,構造的に発散する形の間の大規模な立体配座スイッチを作り出すための段階をセットする。Copyright 2020 The Author(s). Published by PNAS. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  NMR【磁気共鳴】 ,  塑性 ,  立体配座 ,  配座転移 ,  アミノ酸配列 ,  *タンパク質 ,  結晶学 ,  *折畳み ,  生物活性 ,  双安定性
準シソーラス用語： 環境条件 ,  蛋白質構造 ,  de novo設計 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 蛋白質工学 ,  計算蛋白質設計 ,  立体配座変化 ,  カルシウム誘導 ,  蛋白質スイッチ

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 定義 ,  分岐 ,  折畳み ,  採用 ,  蛋白質 ,  計算 ,  設計