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J-GLOBAL ID：202002213059327795   整理番号：20A0973425

擬ノットによるRNA二次構造予測のための効率的なシミュレーテッドアニーリングアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

An efficient simulated annealing algorithm for the RNA secondary structure prediction with Pseudoknots

著者 (7件)： Kai Zhang (School of Computer Science, Wuhan University of Science and Technology, Wuhan, China) ,  Kai Zhang (Hubei Province Key Laboratory of Intelligent Information Processing and Real-time Industrial System, Wuhan, China) ,  Yuting Wang (School of Computer Science, Wuhan University of Science and Technology, Wuhan, China) ,  Yulin Lv (School of Computer Science, Wuhan University of Science and Technology, Wuhan, China) ,  Jun Liu (School of Computer Science, Wuhan University of Science and Technology, Wuhan, China) ,  Jun Liu (Hubei Province Key Laboratory of Intelligent Information Processing and Real-time Industrial System, Wuhan, China) ,  Juanjuan He (School of Computer Science, Wuhan University of Science and Technology, Wuhan, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 13  ページ： 1-13  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAシュードノット構造は生物学的過程において重要な役割を果たす。しかしながら,既存のRNA二次構造予測アルゴリズムは,偽結び目構造を効率的に予測することができない。ランダムマッチングはベース対の数を改善できるが,これらの非連続ベース対は自由エネルギーを低減するための寄与をすることができない。探索手順の効率を向上させるために,著者らのアルゴリズムは基本成分として連続的な塩基対を取る。まず第一に,著者らのアルゴリズムは,連続的ベース対の数が与えられた最小の茎長より大きいならば,三重項データ構造におけるすべての連続的塩基対を計算して,保存する。第二に,最小自由エネルギーを持つ最適解を選択するために,アニーリングスケジュールを適用した。最後に,提案されたアルゴリズムを,擬似位相における実際の実例によって評価した。実験結果は,いくつかの選択された最先端のRNA構造予測アルゴリズムと比較して,競争力があり,より良い性能を提供することを実証した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *アルゴリズム ,  データ構造 ,  *RNA【核酸】 ,  塩基対 ,  位相
準シソーラス用語： 最適解 ,  予測アルゴリズム ,  シュードノット ,  *RNA二次構造 ,  RNA構造 ,  *シミュレーテッドアニーリングアルゴリズム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： RNA二次構造 ,  シュードノット ,  シミュレーテッドアニーリングアルゴリズム ,  最小自由エネルギー

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (26件)：

• J Mol Biol; How RNA folds; I Tinoco, C Bustamante; 293; 2; 1999; 271-281; 10.1006/jmbi.1999.3001; citation_id=CR1
• Nucleic Acids Res; Pseudobase: structural information on RNA pseudoknots; FH Batenburg, AP Gultyaev, CW Pleij; 29; 1; 2001; 194-195; 10.1093/nar/29.1.194; citation_id=CR2
• Semin Virol; Pseudoknots: a vital feature in viral RNA; BALM Deiman, CWA Pleij; 8; 3; 1997; 166-175; 10.1006/smvy.1997.0119; citation_id=CR3
• Using RNA-seq for Analysis of Differential Gene Expression in Fungal Species. Yeast Functional Genomics; 2016; CR4; C Wang, MS Schröder, S Hammel; citation_publisher=Springer
• RNA.; Data-directed RNA secondary structure prediction using probabilistic modeling; F Deng, M Ledda, S Vaziri; 22; 8; 2016; 1109-1119; 10.1261/rna.055756.115; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： ノット ,  RNA二次構造 ,  予測 ,  シミュレーテッドアニーリングアルゴリズム