植物における系統ゲノミクスおよび個体群ゲノミクスのための標的捕獲配列決定におけるサンプル毎コスト削減のための戦略【JST・京大機械翻訳】

Hale Haley; Gardner Elliot M.; Gardner Elliot M.; Gardner Elliot M.; Viruel Juan; Pokorny Lisa; Johnson Matthew G.

文献

J-GLOBAL ID：202002213691053670 整理番号：20A1011126

植物における系統ゲノミクスおよび個体群ゲノミクスのための標的捕獲配列決定におけるサンプル毎コスト削減のための戦略【JST・京大機械翻訳】

Strategies for reducing per-sample costs in target capture sequencing for phylogenomics and population genomics in plants

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資料名：
巻： 8 号： 4 ページ： e11337 発行年： 2020年
JST資料番号： W3663A ISSN： 2168-0450 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：文献レビュー発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

広い系統発生学的適用性を持つ遺伝子セットの開発と高スループット配列決定のコストの減少は,植物の系統学と個体群ゲノミクスの両方のための妥当なプラットフォームとして配列捕捉法の上昇をもたらした。大規模な標的配列決定プロジェクトにおける重要な考察は試料当たりのコストであり,それはバルク中で購入されていない市販のキットまたは試薬を用いるときに膨張させることができる。ここでは,ハイスループット標的配列決定プロジェクトにおける試料当たりのコストを低減する方法について議論する。DNA抽出,ライブラリー調製,標的濃縮,および配列決定におけるバルクコストを低減するためのいくつかの代替案を比較しながら,標的配列決定のための最小の装置と消耗可能な要件をレビューする。著者らは,各ワークフローの変化がDNA品質(例えば,新鮮な対ヘルバリウム組織),ゲノムサイズ,およびプロジェクトの系統発生規模によってどのように影響されるかもしれないと考えている。著者らは,プロジェクトを設計するときに使用するために標的配列決定を考慮する研究者のためにコスト計算機を提供して,非モデル植物システムにおける低コスト配列の将来の開発のために挑戦を確認した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学

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