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J-GLOBAL ID：202002215062213917   整理番号：20A0708099

Hibiscus cannabinusの完全な葉緑体ゲノム配列とMalvaceaeファミリーの比較分析【JST・京大機械翻訳】

Complete Chloroplast Genome Sequence of Hibiscus cannabinus and Comparative Analysis of the Malvaceae Family

著者 (6件)： Cheng Yan (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Cheng Yan (Fujian Provincial Key Laboratory of Haixia Applied Plant Systems Biology, State Key Laboratory of Ecological Pest Control for Fujian and Taiwan Crops, College of Plant Protection, Center for Genomics and Biotechnology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Zhang Liemei (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Qi Jianmin (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Zhang Liwu (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Zhang Liwu (Fujian Provincial Key Laboratory of Haixia Applied Plant Systems Biology, State Key Laboratory of Ecological Pest Control for Fujian and Taiwan Crops, College of Plant Protection, Center for Genomics and Biotechnology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 227  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ケナフ(Hibiscus カンナビノイド)は世界で最も急速に成長しているコウモリの1つであり,Malvaceae科に属する。しかし,ケナフの系統的分類と葉緑体(cp)ゲノムはこれまで報告されていない。本研究では,ケナフのcpゲノムを配列し,Malvaceae科の系統発生と比較分析を行った。H.カンナビノイド cpゲノムのサイズは長さ162,903bpであり,113のユニークな遺伝子(79の蛋白質コード遺伝子,4つのrRNA遺伝子,および30のtRNA遺伝子)を含んでいた。系統発生分析により,H. カンナビノイドのcpゲノム配列はHibiscus syriacusよりもTalipariti hamabo及びAbelmoschus esculentusと密接な関係を有し,分類学的関係と一致しないことを示した。更なる分析は,H.syriacusのcpゲノムアノテーションの新しいバージョンを得て,小単一コピー(SSC)領域の配向変異がMalvaceaeのファミリーに広く存在することを見出した。高度に可変的なYCF1と高度に保存された遺伝子rrn32がMalvaceaeのファミリーの間で同定された。特に,系統発生分析に関連するcpゲノムにおける2つの異なるSSC配向の説明を論じた。これらの結果はMalvaceae科のHibiscus属の系統的分類への洞察を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： コウモリ ,  *ゲノム ,  オクラ ,  *葉緑体 ,  カンナビノイド ,  遺伝子 ,  系統発生 ,  体系分類 ,  rRNA遺伝子 ,  *フヨウ属 ,  *ケナフ ,  タンパク質
準シソーラス用語： *ゲノム配列 ,  系統解析 ,  *葉緑体ゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Hibiscus cannabinus ,  Malvaceae ,  遺伝子配向 ,  SSC ,  LSC ,  CP

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (44件)：

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• Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A. A., Dvorkin M., Kulikov A. S., et al (2012). SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 19 455-477. doi: 10.1089/cmb.2012.0021
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• Daniell H., Lin C., Yu M., Chang W. (2016). Chloroplast genomes: diversity, evolution, and applications in genetic engineering. Genom. Biol. 17:134. doi: 10.1186/s13059-016-1004-2

タイトルに関連する用語 (4件)： Hibiscus ,  葉緑体ゲノム ,  ファミリー ,  比較分析