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J-GLOBAL ID：202002215097215618   整理番号：20A1537573

メタゲノムシークエンシングと標的配列捕捉を用いた臨床サンプルにおけるウイルスの検出【JST・京大機械翻訳】

Detection of Viruses in Clinical Samples by Use of Metagenomic Sequencing and Targeted Sequence Capture

著者 (6件)： Wylie Kristine M. ,  Wylie Todd N. ,  Buller Richard ,  Herter Brandi ,  Cannella Maria T. ,  Storch Gregory A.
資料名： Journal of Clinical Microbiology  (Journal of Clinical Microbiology)
巻： 56  号： 12  ページ： Null  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0094A  ISSN： 0095-1137  CODEN： JCMIDW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ABSTRACTメタゲノムショットガン配列決定(MSS)は,ウイルス診断試験への革命的アプローチであり,広範なウイルス,詳細な分類学的帰属,および抗ウイルス薬耐性に関連する突然変異の検出を可能にする。ウイルス検出のための感度を高めるために,著者らは以前に,配列決定の前に真核生物ウイルスの包括的なセットから核酸を濃縮するために設計された標的配列捕捉パネルであるViroCapを開発した。臨床的に重要なウイルスを検出し,臨床的に重要なウイルス特徴を特性化するための標的配列捕捉によるMSSの有用性を実証するために,著者らは,広範囲の医療関連ウイルスを含む診断ウイルス学研究所からの臨床サンプルを分析するために,ViroCapを使用した。26の試料から,ViroCapを有するMSSは,期待されるウイルスと30の付加的ウイルスの全てを検出した。標準MSSによる捕獲濃縮後の配列決定を比較し,捕獲濃縮のみで13のウイルスを検出し,ウイルスゲノムの幅と深さと同様にウイルス配列読み取りの数と割合の一貫した増加を観察した。臨床試験と比較して,MSSは15のウイルスに対する分類学的帰属を強化し,インフルエンザAウイルス,単純ヘルペスウイルス(HSV),ヒト免疫不全ウイルス(HIV),およびC型肝炎ウイルス(HCV)における抗ウイルス薬耐性に関連するコドンを分析できた。全体として,臨床サンプルにおいて,標的配列捕捉を有するMSSは,標的配列捕捉のない臨床試験およびMSSと比較して,ウイルス検出および臨床および疫学的関連性の情報を提供する。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 核酸 ,  コドン ,  突然変異 ,  臨床試験 ,  *捕獲 ,  真核生物 ,  単純ヘルペスウイルス ,  疫学 ,  キャラクタリゼーション ,  C型肝炎ウイルス ,  HIV【ウイルス】
準シソーラス用語： *配列解析 ,  ウイルスゲノム ,  *メタゲノム ,  ウイルス検出 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (5件)： 標的配列 ,  捕捉 ,  臨床 ,  サンプル ,  ウイルス