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J-GLOBAL ID：202002215677447467   整理番号：20A0500810

バイオ情報解析は口腔扁平上皮癌の免疫/炎症関連リスク署名を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatic Analysis Reveals an Immune/Inflammatory-Related Risk Signature for Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma

著者 (8件)： Bai Shuang ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China) ,  Bai Shuang ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Peking University School and Hospital of Stomatology, No. 22, Zhongguancun South Avenue, Haidian District, Beijing 100081, China) ,  Yan Ying-Bin ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China) ,  Chen Wei ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China) ,  Zhang Ping ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China) ,  Zhang Tong-Mei ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China) ,  Tian Yuan-Yuan ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China) ,  Liu Hao ( Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin Stomatological Hospital, No. 75, Dagu Road, Heping District, Tianjin 300041, China)
資料名： Journal of Oncology (Web)  (Journal of Oncology (Web))
巻： 2019  ページ： Null  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7781A  ISSN： 1687-8450  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット遺伝子発現プロファイリングは,癌サブタイプ分類と予後予測の改善に対する洞察を提供する有望な技術として最近出現した。免疫/炎症関連mRNAは,癌微小環境をより良く説明するための研究者を可能にする遺伝子を潜在的に豊かにする可能性がある。口腔扁平上皮癌(OC-SCC)は,他のタイプの頭部および頚部扁平上皮癌(HNSCC)と比較して高い罹患率および予後不良を示し,これらの違いは腫瘍微小環境内の差によるものと考えられる。これに基づいて,著者らはOC-SCCの予後予測を改善するために免疫関連の署名を設計した。癌ゲノム地図(TCGA)データベースから供給された全ゲノム発現データを有する314のOC-SCCサンプルのコホートを発見のために含めた。GSE41613データベースを検証に用いた。リスクスコアは,訓練データセットから得られた免疫/炎症特性を用いて確立された。主成分分析,GO分析および遺伝子セット濃縮分析を用いて,生物情報学的意味を調査した。署名に基づく二分化リスクスコアによりグループ化した場合,この分類器は,訓練および検証コホート(両コホートにおける[数式:原文を参照])および異なる臨床病理学的サブグループ内で異なる予後を有する患者を成功裏に識別できた。類似体細胞突然変異パターンを,高および低リスクスコアグループ間で観察し,異なるコピー数変化パターンも同定した。さらなる生物情報学的分析は,より低いリスクスコア群が免疫/炎症関連生物学的過程と有意に相関し,一方,より高いリスクスコア群は細胞周期関連過程と高度に関連していることを示唆した。分析は,リスクスコアが患者生存のロバスト予測因子であり,その機能的アノテーションが良く確立されたことを示した。したがって,この生物情報科学に基づく免疫関連シグネチャは,OC-SCCの微小環境が異なる基礎的生物学的過程と臨床転帰を有する患者を区別でき,この特徴の使用が将来のOC-SCC分類と治療設計に光を当てる可能性があることを示唆した。Copyright 2019 Shuang Bai et al. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ロバスト性 ,  予後 ,  母集団 ,  分化 ,  主成分分析 ,  ゲノム ,  *炎症 ,  細胞周期 ,  アノテーション ,  mRNA ,  遺伝子 ,  *扁平上皮癌 ,  コピー数 ,  データベース
準シソーラス用語： リスクスコア , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  歯と口腔の腫よう  (GT04000N) ,  発癌機序・因子  (GE02020C)

引用文献 (38件)：

• A. C. Chi, T. A. Day, B. W. Neville, "Oral cavity and oropharyngeal squamous cell carcinoma-an update," CA: A Cancer Journal for Clinicians, vol. 65, no. 5, pp. 401-421, 2015.
• S. Gandini, E. Botteri, S. Iodice et al., "Tobacco smoking and cancer: a meta-analysis," International Journal of Cancer, vol. 122, no. 1, pp. 155-164, 2008.
• R. A. Beynon, S. Lang, S. Schimansky et al., "Tobacco smoking and alcohol drinking at diagnosis of head and neck cancer and all-cause mortality: results from head and neck 5000, a prospective observational cohort of people with head and neck cancer," International Journal of Cancer, vol. 143, 2018.
• N. E Allen, J. Bénichou, K. Bloomfield et al., "Alcohol consumption and ethyl carbamate," IARC Monographs on the Evaluation of Carcinogenic Risks to Humans, vol. 96, pp. 3-1383, 2010.
• L. Radoï, S. Paget-Bailly, D. Cyr et al., "Tobacco smoking, alcohol drinking and risk of oral cavity cancer by subsite," European Journal of Cancer Prevention, vol. 22, no. 3, pp. 268-276, 2013.

タイトルに関連する用語 (6件)： 情報解析 ,  口腔扁平上皮癌 ,  免疫 ,  炎症 ,  リスク ,  署名