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J-GLOBAL ID：202002215798440182   整理番号：20A0594443

2つの培地を用いたNocardia spp.の同定のためのVitek MS IVDデータベースV3.0の評価と直接塗抹法と蛋白質抽出法の比較【JST・京大機械翻訳】

Assessment of VITEK MS IVD database V3.0 for identification of Nocardia spp. using two culture media and comparing direct smear and protein extraction procedures

著者 (12件)： Durand T. (Institut des Agents infectieux, Centre de Biologie et Pathologies Nord, Hopital de la Croix Rousse, Lyon, France) ,  Vautrin F. (UMR CNRS 5557, Ecologie Microbienne - Groupe de Recherche “Pathogenes Opportunistes et Environnement” - ISPB-Faculte de Pharmacie, Universite Lyon 1, Lyon, France) ,  Bergeron E. (UMR CNRS 5557, Ecologie Microbienne - Groupe de Recherche “Pathogenes Opportunistes et Environnement” - ISPB-Faculte de Pharmacie, Universite Lyon 1, Lyon, France) ,  Girard V. (bioMerieux France, Microbiology R&D, La Balme-les-Grottes, France) ,  Polsinelli S. (bioMerieux France, Microbiology R&D, La Balme-les-Grottes, France) ,  Monnin V. (bioMerieux France, Microbiology R&D, La Balme-les-Grottes, France) ,  Durand G. (bioMerieux France, Microbiology R&D, La Balme-les-Grottes, France) ,  Dauwalder O. (Institut des Agents infectieux, Centre de Biologie et Pathologies Nord, Hopital de la Croix Rousse, Lyon, France) ,  Dumitrescu O. (Institut des Agents infectieux, Centre de Biologie et Pathologies Nord, Hopital de la Croix Rousse, Lyon, France) ,  Laurent F. (Institut des Agents infectieux, Centre de Biologie et Pathologies Nord, Hopital de la Croix Rousse, Lyon, France) ,  Rodriguez-Nava V. (Institut des Agents infectieux, Centre de Biologie et Pathologies Nord, Hopital de la Croix Rousse, Lyon, France) ,  Rodriguez-Nava V. (UMR CNRS 5557, Ecologie Microbienne - Groupe de Recherche “Pathogenes Opportunistes et Environnement” - ISPB-Faculte de Pharmacie, Universite Lyon 1, Lyon, France)
資料名： European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases  (European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases)
巻： 39  号： 3  ページ： 559-567  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0158A  ISSN： 0934-9723  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 標的DNA配列決定と比較して,Nocardia spp.の同定のための飛行質量分析(MALDI-ToF MS)V3.0データベースのVITEK MS IVD V3.0マトリックス支援レーザ脱離イオン化時間の性能を評価した。データベースに存在しない18の異なる種を含む222のDNA配列で定義されたNocardia spp.株の収集を試験した。ブロモクレゾールパープル寒天(BCP)とColumbia寒天+5%ヒツジ血液(COS)培養培地を,2つの異なる調製段階と共に用いた:直接スメアと「3試み」手順,(1)抽出物のスポッティング,(2)同じ抽出物の新しいスポッティング,および(3)新しい抽出物のスポッティング。直接スメアプロトコルは低い正確な同定率(両方の媒体に対して≦15%)をもたらしたが,蛋白質抽出は正しい同定結果(使用した媒体に関係なく>67%)をもたらした。反復または新しい抽出物を用いた2つの追加的試みの使用は,BCPおよびCOSに対してそれぞれ87%および91%まで正確な同定率を増加させた。3つの試み手順を用いたとき,培地タイプに依存しない最良の同定結果がN.farcinicaとN.cyriacigeorica(100%)に対して得られた。同定試み2と3は,正しい同定(BCP,+20%;COS,+13%)の数を増加させることを可能にした。試み2と3の間の性能の強化は,N.abscessus(両方の媒体に対して81%)と低い罹患率種(BCP,70%;COS,85%)に対して顕著であった。データベースに存在する種に属する株の3.4%と2.4%までは,BCPとCOS培地によりそれぞれ誤っていた。BCPに対する症例の1.9%とCOSに対する1.4%において,これらの誤診は同じ系統発生複合体に属する種に関係した。V3.0データベースで主張されていない株については,N.purisとN.ggoodfellowiが「同定されない」結果を生み,N.arthriitidis,N.cerradoensis,N.altamirensisに属する株の100%が同じ系統発生複合体内で誤同定を生じた。VITEK MS IVD V3.0はNocardia spp.の同定のための正確で有用なツールである。Copyright Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2019 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 複合体 ,  *Nocardia ,  レーザ ,  媒質 ,  脱着 ,  *データベース ,  イオン化 ,  寒天 ,  質量分析 ,  飛翔 ,  系統発生
準シソーラス用語： 抽出物 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Nocardia spp. ,  MALDI-TOF ,  BCP ,  COS ,  DNAシークエンシング

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (7件)： 培地 ,  Nocardia ,  SPP ,  同定 ,  データベース ,  評価 ,  蛋白質抽出