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J-GLOBAL ID：202002216069858182   整理番号：20A1329719

HR-LC/MSデータからの細胞メタボロームにおける13C同位体濃縮の非標的定量化のための自由に利用可能なソフトウェアツールの評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluation of freely available software tools for untargeted quantification of ¹³C isotopic enrichment in cellular metabolome from HR-LC/MS data

著者 (11件)： Dange Manohar C. (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Mishra Vivek (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Mukherjee Bratati (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Mukherjee Bratati (DBT-Pan IIT Center for Bioenergy, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 400076, India) ,  Jaiswal Damini (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Merchant Murtaza S. (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Prasannan Charulata B. (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Prasannan Charulata B. (DBT-Pan IIT Center for Bioenergy, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 400076, India) ,  Wangikar Pramod P. (Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 40076, India) ,  Wangikar Pramod P. (DBT-Pan IIT Center for Bioenergy, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 400076, India) ,  Wangikar Pramod P. (Wadhwani Research Center for Bioengineering, Indian Institute of Technology Bombay, Powai, Mumbai, 400076, India)
資料名： Metabolic Engineering Communications  (Metabolic Engineering Communications)
巻： 10  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2975A  ISSN： 2214-0301  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 13C代謝フラックス分析(13C-MFA)は,細胞代謝産物中の同位体濃縮の定量化を含み,得られたデータを生物の代謝ネットワークモデルに当てはめる。得られたフラックスマップの被覆率と分解能は,13C濃縮を正確に定量できる代謝物とフラグメントの総数に依存する。13C濃縮を追跡するための実験技術は,高速に進化し,大量のデータは,現在,高分解能質量分析(HR-LC/MS)と組み合わせた液体クロマトグラフィーの利用によって日常的に発生する。したがって,現在の原稿は,そのような大きなデータセットのハイスループット解析における課題に焦点を当てる。現在の13C-MFA研究は,代謝産物の小さなサブセットの標的定量に頼るべきであり,従って,未調査のデータの大部分を残す。同位体濃縮の非標的定量のために近年,多くの公共ドメインソフトウェアツールが報告されている。しかしながら,多様なデータセットにわたるそれらの応用の適合性は,研究されていない。ここでは,3つの多様なデータセットを用いて,ソフトウェアツールX13CMS,DynaMet,GeoRge,HiResTECを試験した。ツールは,全3つのデータセットにおける代謝物における13C濃縮のグローバルで非標的の見解,およびデータ解析における非常に必要な自動化を提供した。いくつかの不一致を,異なるツールから得た結果で観察し,それは,ベースライン分離と潜在的質量コンフリクトの欠如に部分的に起因した。偽陽性を手動で除去後,同位体濃縮は代謝産物の大きなレパートリーで確実に定量できた。調査したソフトウェアツールの中で,GeoRgeとHiResTECは,試験したすべてのデータセットの非標的解析に対して一貫して良好に機能した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自動化 ,  分解能 ,  液体クロマトグラフィー ,  *同位体濃縮 ,  代謝産物 ,  適応性 ,  データ解析 ,  *支援プログラム ,  *LC-MS分析 ,  Synechococcus
準シソーラス用語： *メタボローム ,  ハイスループット ,  代謝ネットワーク ,  細胞代謝 ,  代謝フラックス分析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 13C代謝フラックス解析 ,  Synechococcus sp.PCC7002 ,  シアノバクテリア ,  網状赤血球 ,  メタノールicus ,  非標的解析

分類 (2件)： 代謝と栄養  (EG03054K) ,  有機化合物の各種分析  (CC08034J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 細胞 ,  メタボローム ,  同位体濃縮 ,  標的 ,  定量化 ,  ソフトウェアツール ,  評価