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J-GLOBAL ID：202002216710674334   整理番号：20A1018318

結合時の蛋白質の本質的に無秩序な領域の速度論的選択と緩和【JST・京大機械翻訳】

Kinetic Selection and Relaxation of the Intrinsically Disordered Region of a Protein upon Binding

著者 (2件)： Tran Duy Phuoc (School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan) ,  Kitao Akio (School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 16  号： 4  ページ： 2835-2845  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ここでは,マウス二重微小クローン2蛋白質(MDM2)を用いて,腫瘍抑制蛋白質p53(TAD-p53)の典型的な本質的無秩序領域(IDR),転写活性化サブドメインの会合および解離機構を検討した。会合および解離平行カスケード分子動力学,多重標準分子動力学(MD)およびMarkov状態モデルの組合せを用いて,結晶構造の事前知識なしに結晶構造に最も近い構造としてMDM2/TAD-p53複合体の最低自由エネルギー構造を得ることに成功した。また,この方法は実験的に測定した標準結合自由エネルギーと会合及び解離速度定数を再現し,実際の解離が秒のオーダーで起こるにもかかわらず,11.675μsの蓄積MDシミュレーションコストのみを必要とした。類似の自由エネルギーをもつ少数の複雑な中間体を同定した。しかし,TAD-p53は最初にMDM2を2番目に低い自由エネルギー中間体として,フラックスの>90%と速度論的に結合し,その単量体状態におけるこれらの中間体の1つと類似の立体配座を採用した。第一段階の機構は配座選択型の様相を持つが,第二段階は誘導された適合性の特徴を示し,界面の同時脱水,側鎖π-πスタッキング,及びα-ヘリックスとしての完全結合への主鎖水素結合形成として起こる。さらに,脱水は複雑な界面の周りの最終緩和過程の重要な過程である。これらの結果は,TAD-p53がその最初の結合型を速度論的に選択し,結合を完全にするために緩和することを示す。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  界面 ,  結晶構造 ,  水素結合 ,  立体配座 ,  計算機シミュレーション ,  単量体 ,  多重化 ,  複合体 ,  緩和現象 ,  側鎖 ,  分子動力学 ,  *p53タンパク質
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  MDM2蛋白質 ,  主鎖 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (3件)： 蛋白質 ,  速度論 ,  緩和