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J-GLOBAL ID：202002217170166889   整理番号：20A0781853

DNAインターカレーションの量子力学研究におけるモデルサイズの重要性【JST・京大機械翻訳】

Importance of model size in quantum mechanical studies of DNA intercalation

著者 (5件)： Harding Drew P. (Center for Computational Quantum Chemistry, Department of Chemistry, University of Georgia, Athens, Georgia) ,  Harding Drew P. (Department of Chemistry, Texas A&M University, College Station, Texas) ,  Kingsley Laura J. (Genomics Institute of the Novartis Research Foundation, San Diego, California) ,  Spraggon Glen (Genomics Institute of the Novartis Research Foundation, San Diego, California) ,  Wheeler Steven E. (Center for Computational Quantum Chemistry, Department of Chemistry, University of Georgia, Athens, Georgia)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 41  号： 12  ページ： 1175-1184  発行年： 2020年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 結合部位モデルサイズの増加に伴うDFT計算相互作用エネルギーの収束を評価した。データは,正確なインターカレーション相互作用エネルギーがDNA塩基対に平行に結合する非荷電インターカレーターに対する隣接ヌクレオチドのみを特徴とする結合部位モデルから誘導されることを示したが,誤差は離れたヌクレオチドとの非共有相互作用に関与する溝結合尾部を示し,DNA塩基対に垂直に結合した。その結果,少なくとも3つの隣接ヌクレオチドを含む結合部位モデルが,収束結合エネルギーを一貫して予測するために必要である。計算的に安価なHF-3c法は信頼できる相互作用エネルギーを提供し,そのような大規模モデルに日常的に適用できることを示した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  ベンチマーク ,  塩基対 ,  密度汎関数法 ,  *インターカレーション ,  相互作用 ,  結合部位 ,  電荷 ,  結合エネルギー ,  ヌクレオチド ,  *量子論
準シソーラス用語： 低価格 ,  相互作用エネルギー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 生体分子 ,  DFTベンチマーク ,  非共有相互作用

分類 (2件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： DNA ,  インターカレーション ,  量子力学 ,  研究 ,  モデル ,  サイズ ,  重要性