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J-GLOBAL ID：202002217410654566   整理番号：20A2716875

低温EM:Q|R#3のための実空間量子ベース精密化【JST・京大機械翻訳】

Real-space quantum-based refinement for cryo-EM: Q|R#3

著者 (7件)： Wang Lum (International Center for Quantum and Molecular Structures, Shanghai University, Shanghai200444, People’s Republic of China) ,  Kruse Holger (Institute of Biophysics of the Czech Academy of Sciences, Brno, Czech Republic) ,  Sobolev Oleg V. (Molecular Biosciences and Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA94720, USA) ,  Moriarty Nigel W. (Molecular Biosciences and Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA94720, USA) ,  Waller Mark P. (Pending AI Pty Ltd, iAccelerat, Innovation Campus, North Wollongong, NSW2500, Australia) ,  Afonine Pavel V. (Molecular Biosciences and Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA94720, USA) ,  Biczysko Malgorzata (International Center for Quantum and Molecular Structures, Shanghai University, Shanghai200444, People’s Republic of China)
資料名： Acta Crystallographica. Section D. Biological Crystallography  (Acta Crystallographica. Section D. Biological Crystallography)
巻： 76  号： 12  ページ： 1184-1191  発行年： 2020年 
JST資料番号： W0466A  ISSN： 0907-4449  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Electronクライオ顕微鏡(cryo-EM)は,X線結晶学,特に,結晶化が困難または不可能な大きな構造に対して,急速に主要な競争者になっている。近年の技術的改良は,かなり高い解像度の3次元再構成をもたらしたが,クライオ-EMマップの平均品質は,結晶学と比較して範囲の低解像度端にある。原子モデル精密化のための長年の課題は,この分解能領域に対する立体化学的に意味のあるモデルの生成である。ここで,ab initio量子化学計算(HF-D3/6-31G)に由来する正確なモデル形状拘束を含むことは,例構造の精密化(PDB侵入3j63の鎖A)を改善できることを実証した。この手順のロバスト性を,低価の半経験的(GFN1-xTB)モデルを用いて7000原子(PDB入口3a5xおよびPDB入口5fn5)の鎖Cを有する付加的構造に対して試験した。実空間量子精密化を可能にする必要なアルゴリズムを,qr.refineの最新のバージョンに実装し,ここで記述した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  結晶化 ,  *低温 ,  分解能 ,  立体化学 ,  タンパク質 ,  結晶学 ,  *精密化 ,  ロバスト性 ,  原子モデル ,  X線結晶学
準シソーラス用語： 実空間 ,  低分解能 ,  量子化学計算 ,  3D画像再構成 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 量子精密化 ,  蛋白質 ,  結晶学 ,  クライオ-EM ,  実空間精密化 ,  phenix.comparama

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生体の顕微鏡観察法  (EA03050C)

タイトルに関連する用語 (5件)： 低温 ,  EM ,  実空間 ,  量子 ,  精密化