述語スーパーFAM-PSS-3D1D:Twilightゾーン蛋白質配列の注釈のためのスーパーファミリーを予測するためのサーバ【JST・京大機械翻訳】

Muthuvel Prasath K.; Ganesan K.; Parthasarathy S.

文献

J-GLOBAL ID：202002217530190125 整理番号：20A1007197

述語スーパーFAM-PSS-3D1D:Twilightゾーン蛋白質配列の注釈のためのスーパーファミリーを予測するためのサーバ【JST・京大機械翻訳】

PredictSuperFam-PSS-3D1D: A server for predicting superfamily for the annotation of twilight zone protein sequences

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資料名：
巻： 210 号： 2 ページ： Null 発行年： 2020年
JST資料番号： W0838A ISSN： 1047-8477 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

与えられた配列の折畳みを予測することにより,二重領域蛋白質配列のアノテーションがこれまで試みられてきた。ここでは,与えられた二重領域(TZ)蛋白質配列に対するスーパーファミリーを予測するPredictSuperFam-PSS-3D1D法を報告する。以前に,著者らは,予測された二次構造情報を貫通法に加えることにより,特にTZ蛋白質配列に対する折畳み予測を改善できることを報告した。本研究では,スーパーファミリーを予測するために同じ方法の適用を分析した。ここでは,この方法において,既知の蛋白質スーパーファミリーライブラリーの3D1Dプロファイルを用いて,二重領域蛋白質配列をスレッド化した。さらに,予測二次構造(PSS)に対する重み付けも採用した。この方法の性能は,二重のゾーンシーケンスでベンチマーク化される。ベンチマークにおいて,GOR IVおよびNPS@予測二次構造により,それぞれ62および65%のスーパーファミリー予測が得られた。受信者動作特性(ROC)曲線は,この方法がスーパーファミリーの予測に敏感であることを示した。この方法を用いて,Schistosomaヘマトクリット(Blood Fluke)の仮想蛋白質配列を用いて事例研究を行い,結果を解析した。著者らの方法は,シーケンス類似性だけに基づく方法が不十分である,TZシーケンスのためのスーパーファミリーを予測する。この方法のためにWebサーバを開発し,http://bioinfo.bdu.ac.in/psfpssでオンラインで利用できる。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： , , , ,

分子構造 , 分子・遺伝情報処理

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