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J-GLOBAL ID：202002218398266698   整理番号：20A0431219

CALISTA:単細胞転写解析におけるクラスタ化と系統推論【JST・京大機械翻訳】

CALISTA: Clustering and LINEAGE Inference in Single-Cell Transcriptional Analysis

著者 (6件)： Papili Gao Nan (Institute for Chemical and Bioengineering, ETH Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Papili Gao Nan (Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne, Switzerland) ,  Hartmann Thomas (Institute for Chemical and Bioengineering, ETH Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Fang Tao (Institute for Chemical and Bioengineering, ETH Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Gunawan Rudiyanto (Institute for Chemical and Bioengineering, ETH Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Gunawan Rudiyanto (Department of Chemical and Biological Engineering, University at Buffalo, Buffalo, NY, United States)
資料名： Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web)  (Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web))
巻： 8  ページ： 18  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7059A  ISSN： 2296-4185  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一細胞トランスクリプトームプロファイルのエンドツーエンド解析のための数値的に効率的で高度に拡張可能なツールボックスである,単一細胞転写解析(CALISTA)におけるクラスタ化とLineage推論を示した。CALISTAは,細胞分化研究のための4つの必須の単一細胞分析(単一細胞クラスタ化,細胞系譜特異化の再構成,遷移遺伝子同定,および細胞偽時間秩序化を含む)を含む。それは個々にまたはパイプラインに適用することができる。これらの解析において,単一細胞mRNA数が確率的遺伝子転写バーストとランダムな技術的ドロップアウトイベントに関連する確率分布関数によって記述されるような尤度に基づくアプローチを用いた。著者らは,異なる単一細胞転写プロファイリング技術からの単一細胞遺伝子発現データセットを用いたCALISTAの有効性を示し,数百から数千の細胞を用いた。CALISTAは自由に利用可能である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： エンドツーエンド方式 ,  遺伝子発現 ,  細胞分化 ,  有効性 ,  バースト ,  *クラスタ化 ,  再構成 ,  mRNA
準シソーラス用語： 遺伝子発現データ ,  転写プロファイリング ,  尤度 ,  遺伝子同定 ,  細胞系譜 ,  ツールキット ,  *単一細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 単一セル ,  遺伝子発現 ,  転写バースト ,  ランダムドロップアウト ,  細胞クラスタ化 ,  系統進行 ,  擬似時間 ,  細胞分化

分類 (3件)： 細胞生理一般  (EF02010S) ,  医用素材  (GA05040H) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (51件)：

• Angerer P., Simon L., Tritschler S., Wolf F. A., Fischer D., Theis F. J. (2017). Single cells make big data: new challenges and opportunities in transcriptomics. Curr. Opin. Syst. Biol. 4, 85-91. doi: 10.1016/j.coisb.2017.07.004
• Bargaje R., Trachana K., Shelton M. N., McGinnis C. S., Zhou J. X., Chadick C., et al. (2017). Cell population structure prior to bifurcation predicts efficiency of directed differentiation in human induced pluripotent cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 114, 2271-2276. doi: 10.1073/pnas.1621412114
• Bhat A. (2014). K-medoids clustering using partitioning around medoids for performing face recognition. Int. J. Soft Comput. Math. Control 3, 1-12. doi: 10.14810/ijscmc.2014.3301
• Bron C., Kerbosch J. (1973). Algorithm 457: finding all cliques of an undirected graph. Commun. ACM 16, 575-577. doi: 10.1145/362342.362367
• Cacchiarelli D., Trapnell C., Ziller M. J., Soumillon M., Cesana M., Karnik R., et al. (2015). Integrative analyses of human reprogramming reveal dynamic nature of induced pluripotency. Cell 162, 412-424. doi: 10.1016/j.cell.2015.06.016

タイトルに関連する用語 (6件)： 単細胞 ,  転写 ,  解析 ,  クラスタ ,  系統 ,  推論