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J-GLOBAL ID：202002218981964721   整理番号：20A0027534

微生物汚染物質検出と機能的推論のための系統的配列決定に基づくアプローチ【JST・京大機械翻訳】

A systematic sequencing-based approach for microbial contaminant detection and functional inference

著者 (9件)： Park Sung-Joon (Human Genome Center, The Institute of Medical Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Onizuka Satoru (Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women’s Medical University, Tokyo, Japan) ,  Onizuka Satoru (Division of Periodontology, Department of Oral Function, Kyushu Dental University, Fukuoka, Japan) ,  Seki Masahide (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan) ,  Suzuki Yutaka (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan) ,  Iwata Takanori (Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women’s Medical University, Tokyo, Japan) ,  Iwata Takanori (Department of Periodontology, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan) ,  Nakai Kenta (Human Genome Center, The Institute of Medical Science, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Nakai Kenta (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan)
資料名： BMC Biology (Web)  (BMC Biology (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 1-15  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7046A  ISSN： 1741-7007  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物汚染は,生物学的および生物医学的研究におけるデータ解析の成功に対して大きな困難性をもたらす。次世代シークエンシング(NGS)データを利用する計算手法は汚染物質の存在を評価するための有望な診断を提供する。しかしながら,宿主細胞がしばしば複数の微生物により汚染されるので,これらのアプローチは,まだ完全には取り組まれていない種内および種間配列類似性に注意を払う必要がある。著者らは,以前の研究で捨てられた複数の種にマップされたそれらを含む配列決定された読み取りのゲノム起源を厳密に調べる計算アプローチを提示する。大規模合成および公共NGS試料の分析を通して,著者らは,RNA-seqによって配列された100万個の宿主の読み取り当たり,1000~10000の汚染微生物の読み取りが検出されると推定する。著者らが確立した微生物カタログは,一般的汚染物質としてCutibacteriumを含み,汚染が主に実験室環境に由来することを示唆した。重要なことに,汚染の機能的影響を推論するための系統的方法を適用することにより,宿主-汚染物質相互作用が,リンパ腫細胞のマイコプラズマ感染時の炎症性およびアポトーシス経路の変化により例示されるように,宿主分子景観の著しい変化を引き起こすことを明らかにした。NGSデータに関する微生物汚染をプロファイリングするための計算法を提供し,実験室試薬における汚染源と実験環境が表現型変化をもたらす宿主細胞の分子景観を変化させることを示唆した。これらの知見は,汚染の起源と機能的影響の正確な決定が品質研究に必須であり,汚染景観を包括的に特性化するために提案した手法の有用性を例証するという概念を補強する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： キャラクタリゼーション ,  汚染源 ,  リンパ腫 ,  類似性 ,  アポトーシス ,  表現型 ,  Mycoplasma ,  相互作用 ,  *微生物 ,  品質 ,  *微生物汚染 ,  炎症 ,  ゲノム ,  データ解析 ,  *汚染物質

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (64件)：

• Front Oncol; Infection of xenotransplanted human cell lines by murine retroviruses: a lesson brought back to light by XMRV; HA Hempel, KH Burns, AM Marzo, KS Sfanos; 3; 2013; 156; citation_id=CR1
• Proc Natl Acad Sci U S A; Concerns over the origin of NIH-CQV, a novel virus discovered in Chinese patients with seronegative hepatitis; SN Naccache, J Hackett, EL Delwart, CY Chiu; 111; 11; 2014; E976; citation_id=CR2
• Curr Biol; Cross-contamination explains “inter and intraspecific horizontal genetic transfers” between asexual bdelloid rotifers; CG Wilson, RW Nowell, TG Barraclough; 28; 15; 2018; 2436-2444; citation_id=CR3
• Stem Cells Int; Mesenchymal stromal cells and viral infection; M Thanunchai, S Hongeng, A Thitithanyanont; 2015; 2015; 860950; citation_id=CR4
• Nat Rev Nephrol; Donor-derived infection--the challenge for transplant safety; JA Fishman, PA Grossi; 10; 11; 2014; 663-672; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： 微生物汚染 ,  物質 ,  推論 ,  系統