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J-GLOBAL ID：202002219738236986   整理番号：20A0654970

トランスクリプトーム全体の関連研究におけるいくつかの統計的考察【JST・京大機械翻訳】

Some statistical consideration in transcriptome-wide association studies

著者 (3件)： Xue Haoran (School of Statistics, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota) ,  Pan Wei (Division of Biostatistics, School of Public Health, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota) ,  for the Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative
資料名： Genetic Epidemiology  (Genetic Epidemiology)
巻： 44  号： 3  ページ： 221-232  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2580A  ISSN： 0741-0395  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： トランスクリプトーム-ワイド関連研究(TWAS)の方法論は,遺伝子発現により仲介される遺伝的変異体からGWAS形質への生物学的経路に対する機構的洞察を明らかにするために,独立した主要GWASデータセットと参照発現量的形質(eQTL)データセットの統合において一般的になっている。統計的TWASは,因果的推論のための機器変数分析の枠組みにおける(2サンプル)2段階最小二乗(2SLS)法である。ステージ1では,主要GWASデータの遺伝子発現を妨げるために参照eQTLデータを使用し,次に,段階2では,衝撃遺伝子発現とGWAS形質の間の関連を試験する。関連がステージ2で検出されるならば,遺伝子とGWAS形質の間の(推定的)因果関係が主張される。非線形モデルまたは一般化線形モデル(GLM)がステージ2(例えば二値GWAS特性に対して)に適合するならば,標準TWASにおけるように,一般的に,因果効果に対する一貫した(すなわち漸近的に不偏)推定に導かないことが知られている。したがって,二段残留介在物(2SRI)と呼ばれる2SLSの変化が,より良い推定(例えば適切な条件下で一致する)を得るために提案されている。著者らの主な目的は,標準2SLSの代わりに,2SRIを適用する必要があるか,より良いかを調べることである。加えて,不正確な遺伝子発現(すなわち測定誤差を伴う)の使用により,一般的に,因果効果推定の標準誤差推定へのいくつかの補正が適用されなければならないが,標準TWASでは補正が適用されないことが知られている。これはこの問題である。また,1試料2SLSを2試料2SLS(すなわち標準TWAS)と比較した。著者らは,アルツハイマー病ニューロイメージングイニシアティブ(ADNI)データとADNIデータを模倣したシミュレーションデータを用いて,上記の質問に取り組んだ。最後に,大きなサンプルサイズと遺伝的変異体の小さな影響サイズにより,標準TWASは良く機能し,推奨されると結論した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 測定誤差 ,  最小二乗法 ,  Alzheimer病 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  遺伝子 ,  衝撃 ,  遺伝子発現 ,  介在物 ,  *トランスクリプトーム ,  シミュレーション
準シソーラス用語： 標準誤差 ,  非線形モデル ,  発現量的形質遺伝子座 ,  量的遺伝形質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 2SLS ,  2SPS ,  2SRI ,  因果推論 ,  機器変数 ,  メンデル・ランダム化 ,  TWA

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (3件)： トランスクリプトーム ,  研究 ,  統計