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J-GLOBAL ID：202002220048857930   整理番号：20A1410054

持続性相同性により得られた特徴を用いた蛋白質折畳み解析【JST・京大機械翻訳】

Protein-Folding Analysis Using Features Obtained by Persistent Homology

著者 (5件)： Ichinomiya Takashi (Gifu University School of Medicine, Gifu, Japan) ,  Ichinomiya Takashi (The United Graduate School of Drug Discovery and Medical Information Sciences of Gifu University, Gifu, Japan) ,  Obayashi Ippei (Center for Advanced Intelligence Project, RIKEN, Tokyo, Japan) ,  Hiraoka Yasuaki (WPI-ASHBi, Kyoto University Institute for Advanced Study, Kyoto University, Kyoto, Japan) ,  Hiraoka Yasuaki (Center for Advanced Intelligence Project, RIKEN, Tokyo, Japan)
資料名： Biophysical Journal  (Biophysical Journal)
巻： 118  号： 12  ページ： 2926-2937  発行年： 2020年 
JST資料番号： B0298A  ISSN： 0006-3495  CODEN： BIOJAU  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質折畳み過程の理解は生物物理学における顕著な問題である;分子動力学シミュレーションにおける最近の発展はこの現象への洞察を与えた。しかし,原子運動の大きな自由度はこの過程の理解を妨げる。本研究では,蛋白質折畳み動力学を明らかにするために,データセットにおけるトポロジー特徴を解析する新たな方法,持続的相同性を適用した。持続的相同性に基づく蛋白質構造を特性化し,この方法をチグノリンの分子動力学シミュレーションに応用した。主成分分析または非負行列因数分解を用いて,本解析法は,それぞれ,ネイティブ,誤折畳みおよび遷移状態に対応する2つの安定状態および1つの鞍状態を明らかにした。また,縮小空間における遅い動力学を持つ非折畳み状態を同定した。この方法は蛋白質折畳みプロセスを理解するための有望なツールとして役立つ。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 位相幾何学 ,  計算機シミュレーション ,  デコンボリューション ,  *折畳み ,  遷移状態 ,  自由度 ,  生物物理学 ,  キャラクタリゼーション ,  主成分分析 ,  *相同性 ,  *タンパク質折畳み ,  分子動力学シミュレーション ,  タンパク質構造 ,  原子運動 ,  非負行列因子分解 ,  計算機利用 ,  利用

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 持続性 ,  相同性 ,  蛋白質折畳み ,  解析