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J-GLOBAL ID：202002221741674467   整理番号：20A1131156

コピー数変異体を用いたヤクの高高度適応性の全ゲノム選択的掃引分析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide selective sweep analysis of the high-altitude adaptability of yaks by using the copy number variant

著者 (7件)： Guang-Xin E. (College of Animal Science and Technology, Southwest University, Chongqing, China) ,  Yang Bai-Gao (College of Animal Science and Technology, Southwest University, Chongqing, China) ,  Zhu Yan-Bin (State Key Laboratory of Barley and Yak Germplasm Resources and Genetic Improvement (Tibet Academy of Agricultural and Animal Husbandry Sciences (TAAAS)), Lhasa, China) ,  Duang Xing-Hai (College of Animal Science and Technology, Southwest University, Chongqing, China) ,  Basang Wang-Dui (College of Animal Science and Technology, Southwest University, Chongqing, China) ,  Luo Xiao-Lin (Sichuan Academy of Grassland Sciences, Chengdu, Sichuan, China) ,  An Tian-Wu (Sichuan Academy of Grassland Sciences, Chengdu, Sichuan, China)
資料名： 3 Biotech  (3 Biotech)
巻： 10  号： 6  ページ： 259  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3974A  ISSN： 2190-5738  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 青海省-チベット高原からの国内ヤク(Bos grunniens)は,高地適応研究における重要な動物モデルである。ここでは,ヤクの高高度適応に対する候補コピー数変化(CNV)を同定するために,全ゲノム選択的掃引分析を行った。合計531の常染色体CNVsを,CNV同定間隔>5kb,CNVシルエットスコア>0.7,および最小対立遺伝子頻度>0.05を有するCNVcalラーを用いて,29ヤクの全ゲノム再配列データ(15の高および14の低高度分布)から測定した。最も高頻度のCNVsは,exonic(44.63%)および遺伝子間(46.52%)領域に位置していた。選択的掃引分析の結果と一致して,7つの候補CNVsは,低い(LA)と高い(HA)高度の間のF_STとV_STから最も高い発散を有するトップ20のCNVsの相互作用から同定された。5つの遺伝子(すなわち,GRIK4,IFNLR1,LOC102275985,GRHL3,およびLOC102275713)は,7つの候補CNVsおよびそれらの上流および下流の300kbでの範囲からも注釈された。GRIK4,IFNLR1,およびLOC102275985は,5つの既知のシグナル経路,すなわちグルタミン酸作動性シナプス,JAK-STATシグナル伝達経路,サイトカイン-サイトカイン受容体相互作用,神経活性リガンド-受容体相互作用,および嗅覚伝達に富んでいた。これらの経路は,動物の環境適応性および様々な生理学的機能,特に低酸素環境下での生理的調節に関与している。本研究の結果は,HA適応に寄与する重要なゲノム構造変異型としてのCNVの理解を進歩させ,ヤクの高度適応性の基礎となる分子機構をさらに説明する助けとなった。Copyright King Abdulaziz City for Science and Technology 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  嗅覚 ,  動物 ,  遺伝子 ,  環境順応 ,  高地 ,  常染色体 ,  遺伝子頻度 ,  *コピー数 ,  サイトカイン ,  サイトカイン受容体
準シソーラス用語： リガンド ,  動物モデル ,  分子機構 ,  チベット高原 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 高高度適応性 ,  ヤク ,  コピー数変動 ,  選択信号解析

分類 (4件)： 集団遺伝学  (EC01040J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： コピー数 ,  変異体 ,  ヤク ,  高高度 ,  適応性 ,  ゲノム選択 ,  掃引 ,  分析