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J-GLOBAL ID：202002222354562748   整理番号：20A1376024

カキ生殖腺における調節型非コードRNAのバイオインフォマティクス【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics analysis of regulatory non-coding RNA in gonad of Crassostrea gigas

著者 (7件)： Wang Xue (上海海洋大学,水産科学国家級実験教学示范中心,上海 201306;上海海洋大学,上海水産養殖工程技術研究中心,上海 201306;山東省海洋資源与環境研究院,山東烟台 264006) ,  Wang Weijun (上海海洋大学,水産科学国家級実験教学示范中心,上海 201306;山東省海洋資源与環境研究院,山東烟台 264006;魯東大学農学院,山東烟台 264025) ,  Luo Qihao (上海海洋大学,水産科学国家級実験教学示范中心,上海 201306;上海海洋大学,上海水産養殖工程技術研究中心,上海 201306;山東省海洋資源与環境研究院,山東烟台 264006) ,  Sun Guohua (魯東大学農学院,山東烟台,264025) ,  Feng Yanwei (魯東大学農学院,山東烟台,264025) ,  Ma Jingjun (烟台市莱山区漁業海洋站,山東烟台,264003) ,  Yang Jianmin (上海海洋大学,水産科学国家級実験教学示范中心,上海 201306;山東省海洋資源与環境研究院,山東烟台 264006;魯東大学農学院,山東烟台 264025)
資料名： Shuichan Xuebao  (Shuichan Xuebao)
巻： 44  号： 5  ページ： 723-734  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2171A  ISSN： 1000-0615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では、日照海域の同一家系の2齢カキ性腺を研究対象とし、smallRNA-seqとRNA-seq技術を通じて、大量の非コードマイクロRNA(miRNA)を選別・同定した。長鎖非コードRNA(lncRNA)と環状RNA(circRNA)は、その生物学的特徴分析を行う。結果、ゼブラフィッシュを参考配列として、2530個の既知miRNA成熟体と5163個の既知miRNA前駆体が得られ、5371個の新しいmiRNA成熟体と5377個の新しいmiRNA前駆体を予測した。長カキのmiRNA長さは1826ヌクレオチド(nt)であり、そのうち、2022ntの長さに分布するmiRNAの数は最も多く、miRNAの第一位塩基はUであることが多い。23022349の注釈lncRNA転写物が得られ,2008324114の新たなlncRNA転写物が予測され,遺伝子間型lncRNA(lincRNA)が同定された。イントロンlncRNA(introniclncRNA)、アンチセンスlncRNA(anti-senselncRNA)はそれぞれ29.0%、62.1%と8.9%を占めた。長カキlncRNAのゲノム特徴は他の真核生物のlncRNAゲノムの特徴と類似し、mRNAと比べ、エクソン(exon)の個数が少なく、転写物の長さが短く、発現レベルが低い。合計383のcircRNAが配列分析で得られ,平均88.54%がexonに由来し,平均4.51%がintronicに由来し,平均6.95%がintergenic由来であった。また、内因性circRNAの潜在的な大量のmiRNA結合部位を同定した。研究結果は長いカキ制御型ncRNAの発現規則と生物学的機能の研究に基礎を築いた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： mRNA ,  ヌクレオチド ,  日照時間 ,  ゲノム ,  結合部位 ,  *生殖腺 ,  真核生物 ,  ゼブラフィッシュ ,  イントロン ,  アノテーション
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  *非翻訳RNA ,  *バイオインフォマティクス ,  内因性 ,  環状RNA , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 魚類  (FH02020K) ,  魚類以外の水産動物  (FH02030V)

タイトルに関連する用語 (5件)： カキ ,  生殖腺 ,  調節 ,  非コードRNA ,  バイオインフォマティクス