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J-GLOBAL ID：202002224623497996   整理番号：20A2762795

メタゲノム解析は渡り鳥におけるマイクロバイオームとレジソームを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Metagenomic analysis reveals the microbiome and resistome in migratory birds

著者 (13件)： Cao Jian (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Cao Jian (Savaid Medical School, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Hu Yongfei (State Key Laboratory of Animal Nutrition, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Liu Fei (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Wang Yanan (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Bi Yuhai (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Lv Na (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Li Jing (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Zhu Baoli (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Zhu Baoli (Savaid Medical School, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Gao George F. (CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Gao George F. (Savaid Medical School, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Gao George F. (National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 8  号： 1  ページ： 1-18  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 抗生物質耐性病原体は世界的にヒトおよび動物の健康にリスクが高い。近年,ヒトおよび動物における抗生物質耐性遺伝子(ARGs)のリザーバーとしての腸内微生物叢の役割は,ますます研究されている。しかし,腸内細菌群落の構造と機能,ならびに移動鳥に運ばれるARGsは,未知のままである。ここでは,移動鳥種とその関連環境から試料を採取し,ショットガンメタゲノム配列決定を用いてそれらの腸ミクロビオームとレジストームを特性化した。移動鳥は腸内細菌組成で大きく変化するが,それらのミクロビオーム代謝と機能では類似していることを見出した。同じ環境からの鳥は,類似の細菌群集を収容する傾向がある。全体で,テトラサイクリン,アミノグリコシド,β-ラクタム,スルホンアミド,クロラムフェニコール,マクロライド-リンコサミド-ストレプトグラム(MLS)およびキノロンに対する耐性を付与する1030の異なるARGs(202耐性タイプ)を同定した。プロクラスト分析は,微生物群集構造が移動鳥のレジストームと相関しないことを示した。さらに,メタゲノムアセンブリに基づく宿主追跡は,大部分のARG輸送コンティグがプロテオバクテリアに由来することを明らかにした。ネットワーク解析により明らかにされた共起パターンは,ARG型ネットワークのハブであるemrD,emrY,ANT(6)-Ia,tetOが,他の共起ARG型の指標であることを示した。環境中のミクロビオームとレジストームと比較して,移動鳥はより低い系統発生多様性を持つが,より多くの抗生物質耐性蛋白質を持っている。興味深いことに,mcr-1耐性遺伝子は,全試料の50%を占める異なる鳥類間で広まっていることを見出した。一方,多数の新規β-ラクタマーゼ遺伝子もfARGeneソフトウェアに基づく鳥メタゲノムアセンブリから再構築される。本研究は,移動鳥におけるARGsの多様性と豊度の包括的な概観を提供し,環境へのARG分離剤としての移動鳥の役割を明らかにする。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ネットワーク ,  動物 ,  タンパク質 ,  *ヒト ,  系統発生 ,  スルホンアミド ,  腸内微生物 ,  ソフトウェア ,  β-ラクタマーゼ ,  芳香族ニトロ化合物 ,  抗生物質 ,  有機塩素化合物 ,  カルボアミド ,  アミノアルコール ,  ジオール ,  第二アルコール
準シソーラス用語： プロテオバクテリア ,  腸内細菌 ,  コンティグ ,  耐性遺伝子 ,  *メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： マイクロバイオーム ,  レジストーム ,  抗生物質耐性 ,  抗生物質耐性遺伝子(ARGs) ,  β-ラクタマーゼ ,  渡り鳥

分類 (5件)： その他の汚染原因物質  (SB05040W) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  異種生物間相互作用  (EE01050A) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

物質索引 (1件)： クロラムフェニコール

引用文献 (71件)：

• Science.; Evolution of mammals and their gut microbes; RE Ley, M Hamady, C Lozupone, PJ Turnbaugh, RR Ramey, JS Bircher, ML Schlegel, TA Tucker, MD Schrenzel, R Knight; 320; 2008; 1647-1651; 10.1126/science.1155725; citation_id=CR1
• Science.; Diet drives convergence in gut microbiome functions across mammalian phylogeny and within humans; BD Muegge, J Kuczynski, D Knights, JC Clemente, A Gonzalez, L Fontana, B Henrissat, R Knight, JI Gordon; 332; 2011; 970-974; 10.1126/science.1198719; citation_id=CR2
• Proc Natl Acad Sci U S A; Individuality in gut microbiota composition is a complex polygenic trait shaped by multiple environmental and host genetic factors; AK Benson, SA Kelly, R Legge, F Ma, SJ Low, J Kim, M Zhang, PL Oh, D Nehrenberg, K Hua; 107; 2010; 18933-18938; 10.1073/pnas.1007028107; citation_id=CR3
• Science.; Functional characterization of the antibiotic resistance reservoir in the human microflora; MOA Sommer, G Dantas, GM Church; 325; 2009; 1128-1131; 10.1126/science.1176950; citation_id=CR4
• N Engl J Med; Antibiotic-resistant bugs in the 21st century-a clinical super-challenge; CA Arias, BE Murray; 360; 2009; 439-443; 10.1056/NEJMp0804651; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： メタゲノム解析 ,  渡り鳥 ,  マイクロバイオーム