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J-GLOBAL ID：202002224747626915   整理番号：20A1117169

SCOPE 単一細胞DNA配列決定のための正規化とコピー数推定法【JST・京大機械翻訳】

SCOPE: A Normalization and Copy-Number Estimation Method for Single-Cell DNA Sequencing

著者 (6件)： Wang Rujin (Department of Biostatistics, Gillings School of Global Public Health, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA) ,  Lin Dan-Yu (Department of Biostatistics, Gillings School of Global Public Health, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA) ,  Lin Dan-Yu (Lineberger Comprehensive Cancer Center, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA) ,  Jiang Yuchao (Department of Biostatistics, Gillings School of Global Public Health, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA) ,  Jiang Yuchao (Lineberger Comprehensive Cancer Center, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA) ,  Jiang Yuchao (Department of Genetics, School of Medicine, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA)
資料名： Cell Systems  (Cell Systems)
巻： 10  号： 5  ページ： 445-452.e6  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3087A  ISSN： 2405-4712  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全ゲノム単一細胞DNA配列決定(scDNA-seq)は細胞レベルでコピー数プロファイルの特性化を可能にする。雑音のあるscDNA-seqデータに対する正規化とコピー数推定法であるSCOPEを提案した。スコープの主な特徴は以下の通りである。(1)正規化のためのPoisson潜在因子モデル,それは細胞と領域を横切る情報を,in silicoで同定された負の対照細胞を用いて,バイアスを推定するために行う。(2)正規化ステップに埋め込まれた期待値最大化アルゴリズムは,異常コピー数変化を説明し,事後調整を必要とせずに直接倍数性推定を可能にする。(3)同じ遺伝的背景を有する細胞を横切って共有されるブレークポイントを同定するための交差標本セグメンテーション手順。著者らは,癌ゲノミクスにおける多様なセットのscDNA-seqデータに関するSCOPEを評価し,SCOPEが正確なコピー数推定を提供し,サブクローン構造を成功裏に再構築することを示した。本論文の透明なピアレビュープロセスの記録を含めた。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 雑音 ,  セグメンテーション ,  ゲノム ,  再構成 ,  バイアス ,  キャラクタリゼーション ,  *正規化 ,  *コピー数
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  多倍数性 ,  in silico ,  *DNA配列 ,  EMアルゴリズム ,  *単一細胞 ,  *推定法 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 単一細胞DNA配列決定 ,  コピー数収差 ,  コピー数変動 ,  正規化 ,  腫瘍不均一性 ,  癌ゲノミクス

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 単一細胞 ,  DNA配列 ,  正規化 ,  コピー数 ,  推定法