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J-GLOBAL ID：202002224811027860   整理番号：20A1188303

マラリア薬剤耐性マーカーサーベイランスのための次世代シークエンシングとバイオインフォマティクスプロトコル【JST・京大機械翻訳】

Next-Generation Sequencing and Bioinformatics Protocol for Malaria Drug Resistance Marker Surveillance

著者 (13件)： Talundzic Eldin ,  Ravishankar Shashidhar ,  Kelley Julia ,  Patel Dhruviben ,  Plucinski Mateusz ,  Schmedes Sarah ,  Ljolje Dragan ,  Clemons Brooke ,  Madison-Antenucci Susan ,  Arguin Paul M. ,  Lucchi Naomi W. ,  Vannberg Fredrik ,  Udhayakumar Venkatachalam
資料名： Antimicrobial Agents and Chemotherapy  (Antimicrobial Agents and Chemotherapy)
巻： 62  号： 4  ページ： e02474-17  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0802A  ISSN： 0066-4804  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング技術における最近の進歩は,マラリア薬物耐性寄生虫を追跡する新しい効果的な方法を提供する。この技術を利用するために,マラリア耐性監視(MaRS)と呼ばれるP.falciparumにおける薬物耐性の分子監視のためのエンドツーエンドIllumina標的アンプリコン深配列決定(TADS)とバイオインフォーマティクスパイプラインを開発した。TADは,深い配列決定に先立ち,ゲノム領域,特に興味のある標的遺伝子を濃縮するPCRに依存する。火星は,ミトコンドリアゲノムと同様に,複数の完全長P. falciparum薬剤耐性遺伝子(crt,mdr1,k13,dhfr,dhpsおよびチトクロームb遺伝子)の対立遺伝子頻度に関するデータを同時に収集することを可能にする。薬物耐性に関連する既知および潜在的新しい単一ヌクレオチド多型の両方について,個々の患者レベルで情報を捉えた。MaRSパイプラインは,疾病管理および予防(CDC)のためにセンターに報告された245人の輸入マラリア症例を用いて検証された。クロロキン耐性crt CVIET遺伝子型(突然変異)は42%の試料で観察され,高ピリメタミン耐性dhps IRN三重変異体は92%の試料で見られ,スルファドキシン耐性は26%の試料でSGEAAを突然変異させた。mdr1 NFSND遺伝子型は試料の40%に見られた。カンボジアから輸入された2つの事例を除いて,アルテミシニン耐性k13対立遺伝子は同定されず,患者の99%はatovaquone-プロパニルに感受性の寄生虫を保有していた。本研究の目的は,米国における輸入マラリア事例のルーチン監視のためのCDCにおけるMaRSを実施し,参加州公衆衛生研究所におけるこのシステムの採用,ならびに世界的パートナーによる支援を行うことである。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 火星 ,  遺伝子型 ,  寄生虫 ,  突然変異 ,  *マラリア ,  *薬物耐性 ,  ゲノム ,  エンドツーエンド方式 ,  対立遺伝子 ,  遺伝子頻度 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： アンプリコン ,  *バイオインフォマティクス ,  ミトコンドリアゲノム ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： マラリア ,  薬剤耐性 ,  マーカー ,  サーベイランス ,  次世代シークエンシング