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J-GLOBAL ID：202002225092883618   整理番号：20A2708106

分光学的技法と計算機シミュレーションによる7-アミノアクチノマイシンD誘導一本鎖DNAヘアピンの熱力学の探索【JST・京大機械翻訳】

Exploring the Thermodynamics of 7-Amino Actinomycin D-Induced Single-Stranded DNA Hairpin by Spectroscopic Techniques and Computational Simulations

著者 (4件)： Peng Yinghua (Key Laboratory of Special Animal Molecular Biology of Jilin Province, Specialty Research Institute of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Jilin, China) ,  Wang Yibo (Laboratory of Chemical Biology, Changchun Institute of Applied Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Jilin, China) ,  Wang Xiaohui (Laboratory of Chemical Biology, Changchun Institute of Applied Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Jilin, China) ,  Wang Xiaohui (Department of Applied Chemistry and Engineering, University of Science and Technology of China, China)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 124  号： 45  ページ： 10007-10013  発行年： 2020年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： NMR研究は,抗腫瘍治療剤アクチノマイシンD(ACTD)が,一見の一本鎖DNA(ssDNA)オリゴマ5′-CCGTT_3GTGG-3′を誘導でき,3つの積層チミン塩基のループに隣接するステム領域にタンデムGTミスマッチを有するヘアピン構造を形成することを示した。結合配列の優先性を明らかにし,結合の熱力学特性を解明するために,分光学的手法と計算シミュレーション研究の組合せを,d-(CCGTT_nGTGG)とd-(CCGAA_nGAGG)(それぞれ,GTT_nとGAA_n,n=3,5,および7)配列を用いて実行した。7-アミノアクチノマイシンD(7AACTD)の存在下で,6つのオリゴマーはすべて安定なヘアピン構造を形成した。GTT_5-7AACTD/GAA_5-7AACTDヘアピン構造は,対応するGTT_n-7AACTDおよびGAA_n-7AACTD(n=3,7)より安定であった。GTT_n-7AACTDとGAA_n-7AACTD複合体の間に,同じループ長で有意なΔG差は見られなかった。7AACTD誘導ヘアピン安定性結果と一致して,7AACTDとGTT_nとGAA_nの結合親和性はn=3からn=5に増加し,nが7のとき減少した。さらに,同じループ長のGTT_nとGAA_nは7AACTDに匹敵する結合親和性を示した。さらに,分子動力学シミュレーションにより,GTT_n/GAA_nと7AACTD間のvan der Waals相互作用が7AACTD結合に対する一次引力であり,7AACTDのカルボニル基とヘアピン中の塩基間の静電相互作用が主要な好ましくない力であることが分かった。これらの知見は,7AACTDがループサイズと配列,ならびにそれらのデオキシリボ核酸(DNA)標的のタンデムGT/GAミスマッチに敏感であるという理解を深めた。ssDNAによる7AACTDの熱力学と分子認識機構の深い理解は,さらにACTD様抗腫瘍薬の開発であろう。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： NMR【磁気共鳴】 ,  *熱力学 ,  *計算機シミュレーション ,  静電相互作用 ,  抗腫瘍薬 ,  直列接続 ,  複合体 ,  ヘアピン構造 ,  オリゴマ ,  van der Waals力 ,  *一本鎖DNA ,  分子認識 ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物 ,  ヒドロキシ化合物
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (1件)： チミン

タイトルに関連する用語 (8件)： 分光学 ,  技法 ,  計算機シミュレーション ,  7-アミノアクチノマイシンD ,  誘導 ,  一本鎖DNA ,  熱力学 ,  探索