文献

J-GLOBAL ID：202002225341341909   整理番号：20A0226053

超並列配列決定を用いたミトコンドリアDNA分析によるDNA混合試料への寄与数の推定【JST・京大機械翻訳】

Estimation of the number of contributors to mixed samples of DNA by mitochondrial DNA analyses using massively parallel sequencing

著者 (9件)： Nakanishi Hiroaki (Department of Forensic Medicine, Juntendo University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Fujii Koji (National Research Institute of Police Science, Chiba, Japan) ,  Nakahara Hiroaki (National Research Institute of Police Science, Chiba, Japan) ,  Mizuno Natsuko (National Research Institute of Police Science, Chiba, Japan) ,  Sekiguchi Kazumasa (National Research Institute of Police Science, Chiba, Japan) ,  Yoneyama Katsumi (Department of Forensic Medicine, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Hara Masaaki (Department of Forensic Medicine, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Takada Aya (Department of Forensic Medicine, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Saito Kazuyuki (Department of Forensic Medicine, Juntendo University School of Medicine, Tokyo, Japan)
資料名： International Journal of Legal Medicine  (International Journal of Legal Medicine)
巻： 134  号： 1  ページ： 101-109  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0122A  ISSN： 0937-9827  CODEN： IJLMEA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 混合DNA試料に対する寄与因子の数が,超並列配列決定を用いてミトコンドリアDNAのDループを分析することにより推定できるかどうかを評価した。2×251サイクルのMiSeqを用いて,超可変領域1および2におけるA-(位置16209-16400)およびB-(位置30-284)アンプリコンをそれぞれ配列決定した。配列抽出とトリミングをCLC Genomicsワークベンチ11を用いて行い,観察されたハプロタイプの数をMicrosoft Excelを用いて各アンプリコン型について数えた。ハプロタイプ比率は,配列読み取りの総数によって対応するハプロタイプの計数された読み取りの数を分割することによって計算された。閾値(5%)以上のハプロタイプを陽性ハプロタイプとして定義した。2つのアンプリコン型のいずれかにおけるより大きな陽性ハプロタイプの数は,寄与者の数として定義された。試料は7個体から収集した。17の混合試料を,種々の比率で2から5つの寄与物からDNAを混合することによって調製した。同量のDNAを含む混合試料のほとんど全てから,2~5人の人々から寄与者の数を正確に推定した。2つまたは3人の人々の混合試料において,微量成分は20:1または8:2:1の比率まで検出された。しかしながら,ヘテロプラスミー,塩基欠失,および同じハプロタイプの共有は,寄与者の数の不正確な推定を引き起こした。この方法はまだ改善の余地があるが,混合試料中の寄与者の数の推定には,法医学的数学に依存しないので,それは有用である可能性がある。Copyright 2019 Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： トリミング ,  法医学 ,  *超並列処理 ,  微量成分 ,  *DNA【核酸】 ,  ハプロタイプ
準シソーラス用語： ヘテロプラスミー ,  アンプリコン ,  超可変領域 ,  Dループ ,  *混合試料 ,  *ミトコンドリアDNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 寄与者の数 ,  混合DNA ,  ミトコンドリアDNA ,  超並列シークエンシング

分類 (2件)： 法医学  (GA03000B) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： ミトコンドリア ,  DNA分析 ,  DNA ,  混合試料 ,  推定