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J-GLOBAL ID：202002225501091957   整理番号：20A2692451

不均一サンプリングによる正確なNOEの測定時間の低減【JST・京大機械翻訳】

Reducing the measurement time of exact NOEs by non-uniform sampling

著者 (8件)： Nichols Parker J. (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA) ,  Born Alexandra (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA) ,  Henen Morkos A. (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA) ,  Henen Morkos A. (Faculty of Pharmacy, Mansoura University, Mansoura, Egypt) ,  Strotz Dean (Laboratory of Physical Chemistry, ETH Zuerich, ETH-Honggerberg, Zuerich, Switzerland) ,  Jones David N. (Department of Pharmacology, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA) ,  Delaglio Frank (Institute for Bioscience and Biotechnology Research, National Institute of Standards and Technology and the University of Maryland, Rockville, ML, USA) ,  Vogeli Beat (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA)
資料名： Journal of Biomolecular NMR  (Journal of Biomolecular NMR)
巻： 74  号： 12  ページ： 717-739  発行年： 2020年 
JST資料番号： W0456A  ISSN： 0925-2738  CODEN： JBNME9  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 従来のNOEと比較して,正確なNOE(eNOEs)の測定について以前報告した。これらのeNOEを蛋白質およびRNA分子の高分解能構造の計算を含む種々の応用に用いた。しかし,eNOEの収集は,単一測定セッションで混合時間を変えて,典型的に4つのNOESYスペクトルから成るNOESYビルドアップシリーズを測定する必要性により,挑戦的である。2Dバージョンは数日で完了できるが,完全にサンプリングされた3D-NOESYビルドアップシリーズは10日間以上取得できる。これは,そのような長期間にわたって安定でないサンプルの場合と同様に高価である。eNOEsの必要な測定時間を著しく減少させる一つの可能な方法は,間接次元で測定される点の数を減らすために,不均一サンプリング(NUS)を用いることである。eNOEsから抽出した非常に密な距離拘束に対するNUSの影響は,非常に顕著である。従って,著者らはNUS密度の減少で3つの試験ケースから測定したeNOEの忠実度を調べた:18.4kDa蛋白質ヒトPin1,Pin1の4.1kDaWWドメイン(3D),および4.6kDa14merRNA UUCGテトラループ(2D)である,であると,Pin1の18.4kDa蛋白質ヒトPin1,Pin1の4.1kDa WWドメイン(両方3D),および4.6kDa 14mer RNA UUCGテトラループ(2D)。その結果,NUSは3事例全てで10%サンプリングまでの良好な品質データに由来するeNOE距離に無視できる誤差を与えるが,基礎となるスパース性に依存するeNOE収率の目立った減少があり,従って,試料の複雑性が減少することが分かった。Pin1では,この転移は約40%で起こり,WWドメインとUUCGテトラループでは,それぞれ20%と10%の低いNUS密度で生じた。これらの数を様々な条件下で再構成シミュレーションを通して合理化した。この損失の程度は,再構成されるピークの数と同様に,走査回数に依存する。これらの知見に基づいて,2Dまたは3D NOESYスペクトルの最密領域で再構成するために必要なピーク数に依存して最適NUS密度を選択するためのガイドラインを作成した。Copyright Springer Nature B.V. 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  合理化 ,  RNA【核酸】 ,  タンパク質 ,  ヒト ,  スペクトル ,  再構成 ,  *二次元 ,  三次元 ,  混合時間 ,  高分解能 ,  NOESY
準シソーラス用語： ドメイン構造 ,  スパース性 ,  *不均一サンプリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： NUS ,  不均一サンプリング ,  正確なNOE ,  eNOE

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  有機化合物のNMR  (BM07044Q) ,  NMR一般  (BM07041R)

タイトルに関連する用語 (2件)： 不均一サンプリング ,  測定時間