リッジ回帰の観点からの付加的遺伝率と予測精度の間のリンクの調査【JST・京大機械翻訳】

Frouin Arthur; Dandine-Roulland Claire; Pierre-Jean Morgane; Deleuze Jean-Francois; Deleuze Jean-Francois; Ambroise Christophe; Le Floch Edith

文献

J-GLOBAL ID：202002226187769802 整理番号：20A2696796

リッジ回帰の観点からの付加的遺伝率と予測精度の間のリンクの調査【JST・京大機械翻訳】

Exploring the Link Between Additive Heritability and Prediction Accuracy From a Ridge Regression Perspective

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資料名：
巻： 11 ページ： 581594 発行年： 2020年
JST資料番号： U7071A ISSN： 1664-8021 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

ゲノム-Wide関連研究(GWAS)は,ほとんどの複雑なヒト表現型に対する遺伝率の小さい部分のみを説明する。ゲノム遺伝率は,混合モデルを用いて全ゲノム上のSNPによって説明される分散を推定し,表現型の説明におけるSNPの多くの小さな寄与を説明する。本論文では,機械学習の観点から遺伝率にアプローチし,混合モデルとリッジ回帰間の密接なリンクを調べた。この寄与は2倍である。最初に,リッジ回帰と一般化交差検証法(GCV)による予測アプローチを用いてゲノム遺伝率を推定する。これが古典的混合モデルベース推定と一致することを示した。第2に,著者らは,nが母集団サイズであり,SNPの全数である比率[数式:原文を参照]の関数として予測精度を表現する簡単な公式を導いた。これらの式は,p>nのとき,高い遺伝率は正確な予測を意味しないことを明確に示した。GCVによる遺伝率の推定と予測精度式を,UK Biobankの模擬データと実データを用いて検証した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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作物育種一般 , 分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現 , 分子遺伝学一般 , 遺伝学研究法

引用文献 (40件)：

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DaetwylerH. D.Pong-WongR.VillanuevaB.WoolliamsJ. A. (2010). The impact of genetic architecture on genome-wide evaluation methods. Genetics 185, 1021-1031. doi: 10.1534/genetics.110.11685520407128

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