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J-GLOBAL ID：202002229377942887   整理番号：20A1733688

ループ媒介等温増幅法によるH5亜型トリインフルエンザウイルスの多様な血球凝集素遺伝子の網羅的検出に必要な亜集団プライマー【JST・京大機械翻訳】

Subpopulation Primers Essential for Exhaustive Detection of Diverse Hemagglutinin Genes of H5 Subtype Avian Influenza Viruses by Loop-Mediated Isothermal Amplification Method

著者 (10件)： Furuyama Y. ,  Takahashi Y. ,  Noguchi K. ,  Murakami H. ,  Sakaguchi M. ,  Hisamatsu Shin ,  Usui T. ,  Yamaguchi T. ,  Ito T. ,  Tsukamoto K.
資料名： Journal of Clinical Microbiology  (Journal of Clinical Microbiology)
巻： 56  号： 9  ページ： Null  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0094A  ISSN： 0095-1137  CODEN： JCMIDW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ABSTRACTループ媒介等温増幅(LAMP)は,鳥インフルエンザ(AI)に対する潜在的スクリーニング試験であるが,その狭い検出スペクトルはその応用を制限する。この狭い検出スペクトルを改善するために,3種類のプライマーを多様なH5サブタイプ血球凝集素(HA)遺伝子の検出に対して比較した。試験した10の遺伝学的に異なるH5 HA遺伝子の4および6遺伝子を,それぞれA/アヒル/Tskuba/9/2005(H5N2)に特異的なSプライマーおよびMプライマー(混合塩基を含む)で検出した。対照的に,全10のHA遺伝子は,個体群プライマー(Pプライマー)で陽性になった(Pプライマー)。本研究は,前方内部プライマー(FIP)および後方内部プライマー(BIP)部位に対するPプライマーが網羅的検出に必須であるが,F3,前方ループ(FL),後方ループ(BL)およびB3部位に対するPプライマーはMプライマーと交換可能であることを示した。塩基ミスマッチ実験は,プライマー部位当たり≦2塩基ミスマッチを有するHA遺伝子とHA遺伝子当たり≦10塩基ミスマッチが増幅可能であることを示した。逆転写-LAMPは,H5サブタイプHA遺伝子に特異的であり,リアルタイムPCRの感度で,野外試料に適用可能であった。in silico分析は,GenBankデータベースに登録されたほとんどのH5 HA遺伝子(2,586の陽性遺伝子/2,588遺伝子)が増幅可能であることを示唆した。これらの結果から,LAMPにおける亜集団プライマーの使用は多様なHA遺伝子の網羅的検出を可能にし,H5 LAMPは一般的な診断研究所における信頼できるAIスクリーニング試験として使用できることを示した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *遺伝子 ,  *血球凝集素 ,  スペクトル ,  個体群 ,  スクリーニング ,  逆転写 ,  *トリインフルエンザ ,  *トリインフルエンザウイルス ,  リアルタイムPCR法
準シソーラス用語： GenBank ,  in silico ,  LAMP ,  HA遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (8件)： ループ ,  増幅 ,  亜型 ,  トリインフルエンザウイルス ,  血球凝集素 ,  遺伝子 ,  亜集団 ,  プライマー