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J-GLOBAL ID：202002229863336120   整理番号：20A2769032

比較ゲノム解析はヒトコロナウイルスSARS-CoV-2とBat-CoV RaTG13間の特異的突然変異パターンを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative Genomic Analyses Reveal a Specific Mutation Pattern Between Human Coronavirus SARS-CoV-2 and Bat-CoV RaTG13

著者 (5件)： Lv Longxian (State Key Laboratory for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases, National Clinical Research Center for Infectious Diseases, Collaborative Innovation Center for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases, The First Affiliated Hospital, College of Medicine, Zhejiang University, ...) ,  Li Gaolei (Department of Biological Engineering, School of Food Science and Biotechnology, Zhejiang Gongshang Univeristy, Hangzhou, China) ,  Chen Jinhui (College of Biological and Chemical Engineering, Jiaxing University, Jiaxing, China) ,  Liang Xinle (Department of Biological Engineering, School of Food Science and Biotechnology, Zhejiang Gongshang Univeristy, Hangzhou, China) ,  Li Yudong (Department of Biological Engineering, School of Food Science and Biotechnology, Zhejiang Gongshang Univeristy, Hangzhou, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 584717  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:中国,武漢市における重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)の大流行は,世界的流行に急速に成長した。SARS-CoV-2がどのように進化したのかは不明のままである。方法:SARS-CoV-2とその密接に関連したコロナウイルスの利用可能なゲノムを用いた包括的解析を行った。【結果】SARS-CoV-2 WIV04とBat-CoV RaTG13の間のスパイク遺伝子(9.07)のアミノ酸置換に対するヌクレオチド置換の比率は,他のコロナウイルス(範囲,1.29~4.81)の間のものより著しく高かった。SARS-CoV-2 WIV04とBat-CoV RaTG13の間の非同義対同義置換率(dN/dS)の比は,すべての実施した比較の中で最低であり,厳しい選択圧下での進化を示唆した。特に,T:C遷移の相対的割合は,SARS-CoV-2 WIV04とBat-CoV RaTG13の間で,他の比較コロナウイルスよりも顕著に高かった。Codon使用は,これらのコロナウイルス間で類似し,同義変異数の増加を説明する可能性はない。さらに,スパイク蛋白質のいくつかの部位が陽性選択を受ける可能性がある。結論:著者らの結果は,SARS-CoV-2とRaTG13の間の同義置換とT:C転移の割合の増加を示した。変異パターン機構の更なる調査は,ウイルス病原性とその宿主への適応の理解に寄与するであろう。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  コドン ,  *突然変異 ,  ヌクレオチド ,  *ゲノム ,  置換率
準シソーラス用語： 比較ゲノム解析 ,  *コロナウイルス ,  *SARSウイルス ,  重症急性呼吸器症候群 ,  アミノ酸置換 ,  スパイク蛋白質 ,  同義置換 ,  サイレント変異 ,  選択圧 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： SARS-CoV-2 ,  同義性突然変異 ,  コドン使用 ,  自然選択 ,  Bat-CoV

分類 (2件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  感染症・寄生虫症の診断  (GD01020S)

引用文献 (19件)：

• BahirI.MenachemF.YosefP.MichalL. (2009). Viral adaptation to host: a proteome-based analysis of codon usage and amino acid preferences. Mol. Syst. Biol. 5:311. doi: 10.1038/msb.2009.71 19888206
• CastellanoD.JenniferJ.AdamE. (2018). Nearly neutral evolution across the drosophila melanogaster genome. Mol. Biol. Evol. 35 2685-2694. doi: 10.1093/molbev/msy164 30418639
• EdgarR. C. (2004). MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 32 1792-1797. doi: 10.1093/nar/gkh340 15034147
• ForniD.RacheleC.AlessandraM.UbertoP.NasserA.MarioC. (2016). Extensive positive selection drives the evolution of nonstructural proteins in lineage C betacoronaviruses. J. Virol. 90 3627-3639. doi: 10.1128/JVI.02988-15 26792741
• JiangX.SimonR.LuoM. (2020). Does SARS-CoV-2 has a longer incubation period than SARS and MERS? J. Med. Virol. 92 476-478. doi: 10.1002/jmv.25708 32056235

タイトルに関連する用語 (6件)： 比較ゲノム ,  解析 ,  ヒト ,  コロナウイルス ,  SARS-CoV-2 ,  突然変異