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J-GLOBAL ID：202002230740730727   整理番号：20A0029254

Theobroma cacaoにおける血管条枝枯病を引き起こす寄生性病原体Ceratobasidium theobromaeのドラフトゲノム配列【JST・京大機械翻訳】

Draft genome sequence of fastidious pathogen Ceratobasidium theobromae , which causes vascular-streak dieback in Theobroma cacao

著者 (16件)： Ali Shahin S. (Sustainable Perennial Crops Laboratory, USDA/ARS, Beltsville Agricultural Research Center-West, Beltsville, USA) ,  Ali Shahin S. (Department of Viticulture & Enology, University of California, Davis, USA) ,  Asman Asman (Department of Plant Pests and Diseases, Hasanuddin University, Makassar, Indonesia) ,  Asman Asman (Cocoa Research Group, Faculty of Agriculture, Hasanuddin University, Makassar, Indonesia) ,  Shao Jonathan (USDA/ARS, Beltsville, USA) ,  Firmansyah Amanda P. (Faculty of Agriculture, Muhammadiyah University of Makassar, Makassar, Indonesia) ,  Susilo Agung W. (Indonesian Coffee and Cocoa Research Institute, Jember, Indonesia) ,  Rosmana Ade (Department of Plant Pests and Diseases, Hasanuddin University, Makassar, Indonesia) ,  Rosmana Ade (Cocoa Research Group, Faculty of Agriculture, Hasanuddin University, Makassar, Indonesia) ,  McMahon Peter (Sydney Institute of Agriculture, School of Life and Environmental Sciences, The University of Sydney, Sydney, Australia) ,  Junaid Muhammad (Department of Plant Pests and Diseases, Hasanuddin University, Makassar, Indonesia) ,  Junaid Muhammad (Cocoa Research Group, Faculty of Agriculture, Hasanuddin University, Makassar, Indonesia) ,  Guest David (Sydney Institute of Agriculture, School of Life and Environmental Sciences, The University of Sydney, Sydney, Australia) ,  Kheng Tee Yei (Cocoa Upstream Technology Department, Malaysian Cocoa Board, Sg. Sumun, Malaysia) ,  Meinhardt Lyndel W. (Sustainable Perennial Crops Laboratory, USDA/ARS, Beltsville Agricultural Research Center-West, Beltsville, USA) ,  Bailey Bryan A. (Sustainable Perennial Crops Laboratory, USDA/ARS, Beltsville Agricultural Research Center-West, Beltsville, USA)
資料名： Fungal Biology and Biotechnology (Web)  (Fungal Biology and Biotechnology (Web))
巻： 6  号： 1  ページ： 1-10  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7382A  ISSN： 2054-3085  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Ceratobasidiaceae科のメンバーであるCeratobasidium theobromaeは,東南アジアにおけるチョコレート産業に対する主要な脅威であるカカオの脈管条di(VSD)の原因物質である。絶食病原体は,純粋培養において非常に困難であり,その遺伝的多様性とゲノムの研究における主要なボトルネックである。本研究は,カカオからの推定C.theobromae分離株の33.90 Mbp de novo集合ゲノムを初めて記述する。ab initio遺伝子予測は9264の蛋白質コード遺伝子を同定し,そのうち800はC.theobromaeに特異的で,密接に関連したグループであるRhizoctonia spp.と比較した。4つの独立したVSD症候性cacao幹から分離したRNAを用いたトランスクリプトーム解析は,集合C.theobromaeゲノムと比較して3550の転写活性遺伝子を同定したが,2つの無症候性幹では4つのC.theobromae遺伝子のみが検出された。VSD症候性幹からの非カカオ関連読み取りのde novo集合は,C.theobromaeゲノムにおける予測遺伝子と高い同一性を持つ遺伝子を均一に生産した。これは,Genbankで見出されたRhizoctonia spp.または遺伝子と比較した。予測されたC.theobromaeトランスクリプトームのさらなる分析を,CAZy遺伝子クラス,KEGG経路関連遺伝子,および138の推定エフェクタ蛋白質を同定するために実施した。これらの知見は,将来における試験と比較のためのモデルを提供するcacaoに関するVSDを引き起こしているfastidious担子菌類C.theobromaeに対する予測ゲノムを初めて提出した。C.theobromaeゲノムは,植物防御機構と植物細胞壁分解酵素を抑制するために分泌されたエフェクタ蛋白質を含む病因モデルを予測する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  *カカオ ,  遺伝子 ,  *ゲノム ,  チョコレート ,  *病原体 ,  *ドラフト ,  タンパク質 ,  血管条 ,  病因 ,  担子菌類 ,  Rhizoctonia ,  絶食 ,  トランスクリプトーム ,  東南アジア

分類 (3件)： 遺伝子操作  (EC02050B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  代謝と栄養  (EG03054K)

引用文献 (42件)：

• Vascular streak dieback (): history and biology; Cacao diseases: a history of old enemies and new encounters; 2016; 307-335; CR1; P McMahon, A Purwantara; citation_publisher=Springer International Publishing
• Aust J Biol Sci.; Investigation of vascular-streak dieback of cocoa in Papua New Guinea; P Keane, N Flentje, K Lamb; 25; 1972; 553-564; 10.1071/BI9720553; citation_id=CR2
• Australas Plant Pathol; Avocado, an alternate host for Oncobasidium theobromae; RD Anderson; 18; 1989; 96-97; 10.1071/APP9890096; citation_id=CR3
• Mycol Prog.; Taxonomic re-evaluation of the Ceratobasidium-Rhizoctonia complex and Rhizoctonia butinii, a new species attacking spruce; F Oberwinkler, K Riess, R Bauer, R Kirschner, S Garnica; 12; 2013; 763-776; 10.1007/s11557-013-0936-0; citation_id=CR4
• Genome Announc.; Draft genome sequence of the plant-pathogenic soil fungus Rhizoctonia solani anastomosis group 3 strain Rhs1AP; MA Cubeta, E Thomas, RA Dean, S Jabaji, SM Neate, S Tavantzis, T Toda, R Vilgalys, N Bharathan, N Fedorova-Abrams; 2; 2014; e01072; 10.1128/genomeA.01072-14; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： Theobroma ,  血管条 ,  枝枯病 ,  病原体 ,  ドラフト ,  ゲノム配列