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J-GLOBAL ID：202002232059682934   整理番号：20A1538182

RNAを用いた嚢胞性線維症かくたんにおける細菌および真菌微生物群集のプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Profiling of Bacterial and Fungal Microbial Communities in Cystic Fibrosis Sputum Using RNA

著者 (12件)： Grahl Nora ,  Dolben Emily L. ,  Filkins Laura M. ,  Crocker Alex W. ,  Willger Sven D. ,  Morrison Hilary G. ,  Sogin Mitchell L. ,  Ashare Alix ,  Gifford Alex H. ,  Jacobs Nicholas J. ,  Schwartzman Joseph D. ,  Hogan Deborah A.
資料名： mSphere  (mSphere)
巻： 3  号： 4  ページ： e00292-18  発行年： 2018年 
JST資料番号： W5747A  ISSN： 2379-5042  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ここでは,ナノStringプローブセットを用い,1段階でコミュニティRNAの直接分析により,複雑な試料中の多様な細菌および真菌分類群を検出する方法を報告する。嚢胞性線維症(CF)喀痰に共通する42の細菌および真菌属または種を検出するためのrRNA標的化プローブセットを設計し,これらプローブの分類群特異性ならびに入力RNAの3log以上の線形応答を示した。培養ベース分析はNanoStringにより得られた細菌及び真菌分類群に関する相対豊度データと定性的に相関し,連続試料の分析は細菌及び真菌の同時検出及び増幅段階なしに低豊度での微生物検出にこの方法の使用を示した。属レベルで比較すると,RNAの分析によって検出される細菌分類群の相対存在量は,同じサンプルからコミュニティDNAから増幅した16S rRNA遺伝子のV4V5領域の配列決定によって測定される同じ分類群の相対存在量と相関していた。この方法は,動的微生物群を理解するために設計された他の方法を補完し,単一アッセイで同じ試料中の細菌と菌類に関する情報を提供し,更なる開発により,属または種レベルでの多様な細菌と菌類に関する迅速で容易に解釈できる診断情報を提供できることを提案した。IMPORTANCCEは,微生物群落内の細菌と菌類を含む,関心のある特異的な分類群のRNAに基づく分析の使用を示す。このマルチプレックス法は,分類群の特異的組合せを有する試料を同定し,特定の集団が時間や空間にわたってどのように変化するか,または摂動に応答して情報を得る手段として有用であろう。細菌および真菌集団を測定する迅速手段は,微生物群落の変化に対する宿主応答の研究を助ける可能性がある。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *微生物 ,  *細菌 ,  DNA【核酸】 ,  *RNA【核酸】 ,  rRNA ,  多重化 ,  *真菌類 ,  *ミクロフローラ ,  ターゲティング ,  *嚢胞性線維症
準シソーラス用語： 細菌分類 ,  分類群 ,  宿主免疫応答 ,  *微生物コンソーシアム ,  同時検出 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  土壌生物  (FB04050N)

タイトルに関連する用語 (7件)： RNA ,  嚢胞性線維症 ,  かくたん ,  細菌 ,  真菌 ,  微生物群集 ,  プロファイリング