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J-GLOBAL ID：202002232747766452   整理番号：20A0498027

亀裂侵入感染を利用したナンキンマメ根粒由来のBradyrhizobium株LB8の単離,特性化,完全ゲノム配列【JST・京大機械翻訳】

Isolation, Characterization, and Complete Genome Sequence of a Bradyrhizobium Strain Lb8 From Nodules of Peanut Utilizing Crack Entry Infection

著者 (10件)： Paudel Dev (Agronomy Department, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Liu Fengxia (Agronomy Department, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Wang Liping (Agronomy Department, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Crook Matthew (Department of Microbiology, Weber State University, Ogden, UT, United States) ,  Maya Stephanie (Agronomy Department, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Peng Ze (Agronomy Department, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Kelley Karen (Interdisciplinary Center for Biotechnology Research, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Ane Jean-Michel (Departments of Bacteriology and Agronomy, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, United States) ,  Wang Jianping (Agronomy Department, University of Florida, Gainesville, FL, United States) ,  Wang Jianping (Plant Molecular and Cellular Biology Program, Genetic Institute, University of Florida, Gainesville, FL, United States)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 93  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多くのマメ科植物において,根粒菌による根のコロニー形成は「根毛侵入」を介しており,その分子機構は広く研究されている。しかしながら,Bradyrhizobium株によるナンキンマメ(Arachis hypogaea L.)の根粒形成は,研究されていない「亀裂侵入」と呼ばれる細胞間コロニー形成過程を必要とする。細胞間亀裂侵入過程を理解するために,植物宿主の機構を研究することに焦点を合わせて,根粒菌に関連するツールと資源を開発することが重要である。本研究では,ナンキンマメ根粒からBradyrhizobium sp.株,LbL8を分離し,PacBio long readsを用いて配列決定した。完全なゲノム配列は,平均GC含量が63.14%の8,718147塩基対(bp)の円形染色体であった。配列したDNA試料ではプラスミド配列は検出されなかった。全部で8,433の潜在的蛋白質コード遺伝子,1つのrRNAクラスタ,および51のtRNA遺伝子を注釈した。予測された遺伝子の58%は既知の機能の遺伝子と類似性を示し,様々な生物学的過程を代表する27のサブシステムに分類された。ゲノムは遺伝子ファミリーの92%をB.ジアゾ有効性USDA110~Tと共有した。778Kbの推定共生島を検出した。それはnifとnod遺伝子の2つのクラスタを含んだ。全部で711の推定蛋白質コード遺伝子がこの領域にあり,その中で455の遺伝子が共生窒素固定とDNA伝達に関連する潜在的機能を持っていた。転移酵素として注釈された21の遺伝子のうち,16は共生島に位置していた。LbL8はIII型とIV型蛋白質分泌系の両方を有しており,著者らの研究により,ブラディ根粒菌における鞭毛型III分泌系の関連性を明らかにした。これらの観察は,異なるDNA要素の水平移動と挿入のような複雑な再配列がBradyrhizobiumゲノムの可塑性の原因である可能性を示唆した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 染色体 ,  *根粒 ,  根粒菌属 ,  rRNA ,  *Bradyrhizobium ,  クラスタ ,  *ナンキンマメ ,  遺伝子 ,  DNA【核酸】 ,  タンパク質 ,  *ゲノム ,  *亀裂 ,  プラスミド ,  塑性 ,  鞭毛

著者キーワード (5件)： 根粒形成 ,  ナンキンマメ ,  Bradyrhizobium ,  ゲノム ,  亀裂侵入

分類 (2件)： 土壌生物  (FB04050N) ,  異種生物間相互作用  (EE01050A)

引用文献 (91件)：

• Abby S. S., Rocha E. P. C. (2012). The non-flagellar Type III secretion system evolved from the bacterial flagellum and diversified into host-cell adapted systems. PLoS Genet. 8:e1002983. doi: 10.1371/journal.pgen.1002983
• Albrecht S., Maier R., Hanus J., Russell S., Emerich D., Evans H. (1978). Hydrogenase in Rhizobium japonicum increases nitrogen. Science 203, 1255-1257. doi: 10.1126/science.203.4386.1255
• Anthamatten D., Hennecke H. (1991). The regulatory status of the fixL- and fixJ-like genes in Bradyrhizobium japonicum may be different from that in Rhizobium meliloti. MGG Mol. Gen. Genet. 225, 38-48. doi: 10.1007/bf00282640
• Antony-Babu S., Stien D., Eparvier V., Parrot D., Tomasi S., Suzuki M. T. (2017). Multiple Streptomyces species with distinct secondary metabolomes have identical 16S rRNA gene sequences. Sci. Rep. 7, 1-8. doi: 10.1038/s41598-017-11363-1
• Arkin A. P., Stevens R. L., Cottingham R. W., Maslov S., Henry C. S., Dehal P., et al. (2016). The DOE Systems Biology Knowledgebase (KBase). bioRxiv 96354. doi: 10.1371/journal.pone.0124501

タイトルに関連する用語 (10件)： 亀裂 ,  侵入 ,  感染 ,  ナンキンマメ ,  根粒 ,  Bradyrhizobium ,  株 ,  単離 ,  特性化 ,  ゲノム配列