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J-GLOBAL ID：202002233037256748   整理番号：20A1756208

Calotropis proceraからのEST-SSRマーカーの同定と配列に基づく検証【JST・京大機械翻訳】

Identification and Sequence-Based Validation of the EST-SSR Markers from Calotropis procera

著者 (11件)： Srivastava Piush (Biological Product Lab, Department of Botany, University of Allahabad, Prayagraj, Uttar Pradesh, India) ,  Pandey Tushar (Division of Botany, CSIR-CDRI, Lucknow, Uttar Pradesh, India) ,  Pandey Tushar (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad, Uttar Pradesh, India) ,  Pandey Akansha (Division of Botany, CSIR-CDRI, Lucknow, Uttar Pradesh, India) ,  Pandey Akansha (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad, Uttar Pradesh, India) ,  Kumar Jitender (Division of Botany, CSIR-CDRI, Lucknow, Uttar Pradesh, India) ,  Mishra Dipak Kumar (Division of Botany, CSIR-CDRI, Lucknow, Uttar Pradesh, India) ,  Mishra Dipak Kumar (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad, Uttar Pradesh, India) ,  Dikshit Anupam (Biological Product Lab, Department of Botany, University of Allahabad, Prayagraj, Uttar Pradesh, India) ,  Tripathi Vineeta (Division of Botany, CSIR-CDRI, Lucknow, Uttar Pradesh, India) ,  Tripathi Vineeta (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad, Uttar Pradesh, India)
資料名： Plant Molecular Biology Reporter  (Plant Molecular Biology Reporter)
巻： 38  号： 3  ページ： 430-440  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2006A  ISSN： 0735-9640  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Calotrophis procera(アトン)乾燥剤は,様々な病気を治療するために使用される薬用で経済的に重要な木質潅木である。本研究では,初めて,C.proceraから発現配列タグ(EST)-単純配列反復(SSR)マーカーを同定し,検証して,選択したマーカーの種間移動性を研究した。C.proceraから34,355のEST-SSRを同定し,反復モチーフと遺伝子オントロジー(GO)アノテーションのタイプに基づいて分類した。17,036EST-SSRsの仮想プライマーを設計し,ジ-,トリ-,テトラ-,ペンタ-,およびヘキサ-ヌクレオチド反復を表す55プライマー対をEST-SSRの検証に使用した。55EST-SSRプライマーのうち合計48は,Calotrophis proceraにおいて明確な増幅を示した。ヌクレオチドレベルでのEST-SSRsを検証するために,4つのランダムに選択したEST-SSRプライマーセットを増幅し,配列決定した。配列アラインメントは増幅プライマーにおけるSSRの存在を確認した。16のプライマー対の多型を研究し,15のプライマーセットが多型バンドを生成することが観察された。これらの15対のプライマーから,遺伝子座当たり平均2.56対立遺伝子を持つ141の対立遺伝子を同定した。対立遺伝子多様性を,Calotrophisの3つの系統を用いて15EST-SSRマーカーに対して推定した。本研究は,Calotrophis procera由来の新規EST-SSRマーカーの開発に成功し,また,Calotrophis proceraに対する生殖質資源および効果的なマーカー支援育種および栽培プログラムのさらなる開発のための有用なゲノムツールとして役立つ分子マーカー資源の確立に成功した。Copyright Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： リグニン ,  ヌクレオチド ,  ゲノム ,  栽培 ,  育種 ,  *対立遺伝子 ,  乾燥剤 ,  灌木 ,  アノテーション
準シソーラス用語： *カロトロピス属 ,  発現配列タグ ,  分子マーカー ,  生殖質 ,  *Calotropis procera ,  遺伝子オントロジー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Calotropis procera ,  遺伝子マーカー ,  多形 ,  EST-SSR

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (5件)： Calotropis ,  EST-SSR ,  マーカー ,  同定 ,  検証