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J-GLOBAL ID：202002233366238252   整理番号：20A1665286

雲南省黄毛イチゴのnrDNAITSとcpDNApsbA-trnH配列分子同定及び進化特徴分析【JST・京大機械翻訳】

Molecular identification and evolutionary characteristics of Fragaria nilgerrensis in Yunnan based on nrDNA ITS and cpDNA psbA-trnH sequence analysis

著者 (9件)： Yang Junyu (云南大学生命科学学院,昆明,650091) ,  Wei Shijie (昆明市農業科学研究院,昆明,650034) ,  Su Daifa (云南大学生命科学学院,昆明,650091) ,  Chen Shanyan (昆明市農業科学研究院,昆明,650034) ,  Luo Zhiwei (昆明市農業科学研究院,昆明,650034) ,  Shen Xuemei (昆明市農業科学研究院,昆明,650034) ,  Arslan Jamil (云南大学生命科学学院,昆明,650091) ,  Tong Jiangyun (昆明市農業科学研究院,昆明,650034) ,  Cui Xiaolong (云南大学生命科学学院,昆明,650091)
資料名： Nanfang Nongye Xuebao  (Nanfang Nongye Xuebao)
巻： 51  号： 4  ページ： 748-757  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2960A  ISSN： 2095-1191  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： [目的]雲南省の異なる地理的地域からの黄毛イチゴを,リボソームDNA(nrDNA)ITS配列と葉緑体DNA(cpDNA)psbA-trnH配列を用いて同定し,異なる地理的集団間の分子進化と地理的分布特性を分析した。それは,イチゴイチゴの生殖質同定,保護,および利用のための理論的基礎を提供した。[方法]雲南省の12の異なる地理的地域からのイチゴイチゴの個体群を材料とし、PCRによりそのITSとpsbA-trnH配列を増幅し、双方向シークエンシングと配列合併を行った。それぞれITSとpsbA-trnH配列と両者の併合配列に基づいて系統発生系統樹を構築した。最後に、DnaSP5.10を用いてITSとpsbA-trnH配列に対してヌクレオチド多様性(π)及びハプロタイプ数、タイプ及び多様性(Hd)分析を行い、黄毛イチゴ個体群に対して中性検査及び分子進化特徴分析を行った。【結果】ITSとpsbA-trnH配列に基づくクラスタ分析の結果は,12の地理的地域からのイチゴイチゴの個体群サンプルが,GenBankデータベースにダウンロードしたイチゴイチゴの枝に集まり,分岐の自転値が閾値(75%)より大きいことを示した。これらの2つの配列は黄毛イチゴの生殖質分子同定に用いることができる。両者の併合配列に基づくクラスター分析結果は上述の結果とほぼ一致したが、分枝の自転値は99%に達し、このクラスター分析の結果はもっと信頼できることを示した。異なる地理的地域の黄毛イチゴのITS配列間の遺伝距離は00.014で、序列はdi慶州>昆明市>文山州であり、psbA-trnH序列間の遺伝距離は00.025であり、昆明市>ディ慶州>文山州の順であった。ITSとpsbA-trnH配列は,黄毛イチゴ個体群の遺伝的分化と地理的分布パターンの間の相関関係を示した。ITS配列の長さは668bpで、変異遺伝子座の百分率は1.8%で、8種類のハプロタイプ、Hdとπはそれぞれ0.894±0.078と0.006であり、昆明市黄毛イチゴのサンプルのハプロタイプは最も多く、4種類であった。psbA-trnHの配列は203bpであり、変異遺伝子座の百分率は2.5%であり、psbA-trnH配列は5種類のハプロタイプを共有し、Hdとπはそれぞれ0.788±0.090と0.009であり、昆明市黄毛イチゴのサンプルハプロタイプは最も多く、3種類である。両方の配列のハプロタイプは地理的分布パターンを示した。黄毛イチゴITSとpsbA-trnH配列の中性検査Tajima’sD値は-0.673と0.227(P>0.1)であり、雲南省12の異なる地理的地域の黄毛イチゴ個体群は安定状態を維持していることが明らかになった。拡張は,現在の歴史的時間内に存在しない。[結論]雲南省の異なる地理的地域から採取したサンプルはすべて黄毛イチゴであった。ITS配列とpsbA-trnH配列は黄毛イチゴのDNAバーコードとみなされ、両者の合併配列は黄毛イチゴ種を正確に同定でき、黄毛イチゴの分子系統地理学研究に適している。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  葉緑体 ,  系統樹 ,  系統発生 ,  地理的分布 ,  分子進化 ,  クラスタ分析 ,  個体群 ,  *ハプロタイプ
準シソーラス用語： リボソームDNA ,  配列解析 ,  GenBank ,  遺伝距離 ,  DNAバーコード ,  ITS配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (7件)： 雲南省 ,  黄 ,  毛 ,  イチゴ ,  分子同定 ,  進化 ,  特徴分析