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J-GLOBAL ID：202002233481599609   整理番号：20A2285282

PacBioとIllumina MiSeqアンプリコン配列決定はRUSITECシステムにおける亜急性第一胃アシドーシスチャレンジ後の細菌群集の完全回復を確認する【JST・京大機械翻訳】

PacBio and Illumina MiSeq Amplicon Sequencing Confirm Full Recovery of the Bacterial Community After Subacute Ruminal Acidosis Challenge in the RUSITEC System

著者 (11件)： Brede Melanie (Institute for Physiology and Cell Biology, University of Veterinary Medicine, Hanover, Germany) ,  Orton Theresa (Institute for Physiology and Cell Biology, University of Veterinary Medicine, Hanover, Germany) ,  Pinior Beate (Institute for Food Safety, Food Technology and Veterinary Public Health, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna, Austria) ,  Roch Franz-Ferdinand (Institute for Food Safety, Food Technology and Veterinary Public Health, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna, Austria) ,  Dzieciol Monika (Institute for Food Safety, Food Technology and Veterinary Public Health, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna, Austria) ,  Zwirzitz Benjamin (Austrian Competence Centre for Feed and Food Quality, Safety and Innovation FFoQSI GmbH, Tulln, Austria) ,  Wagner Martin (Institute for Food Safety, Food Technology and Veterinary Public Health, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna, Austria) ,  Wagner Martin (Austrian Competence Centre for Feed and Food Quality, Safety and Innovation FFoQSI GmbH, Tulln, Austria) ,  Breves Gerhard (Institute for Physiology and Cell Biology, University of Veterinary Medicine, Hanover, Germany) ,  Wetzels Stefanie U. (Institute for Food Safety, Food Technology and Veterinary Public Health, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna, Austria) ,  Wetzels Stefanie U. (Austrian Competence Centre for Feed and Food Quality, Safety and Innovation FFoQSI GmbH, Tulln, Austria)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 1813  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第一胃細菌群に対する亜急性ルーメンアシドーシス(SARA)の影響は,in vivo試験でしばしば研究されている。ここでは,これら変化が,この疾患に対するin vitroモデルとして,ルーメンシミュレーション技術(RUSITEC)を用い,反映できるかを検討した。著者らは,細菌群集が亜急性の反芻胃アシドーシス後に完全に回復するという仮説を立てた。V4超可変領域の16S rRNA遺伝子Illumina MiSeq配列決定とPacBioのほぼ全長16S rRNA遺伝子解析を組み合わせた。このハイブリッドアプローチにより,最も豊富な細菌群の分類学的分解能の増加と全細菌多様性の概観を得ることを狙った。実験は対照期間IとSARAチャレンジから成り,対照期間II後に終了し,各期間が5日間続いた。亜急性アシドーシスは,SARAチャレンジ中の緩衝能(SARA緩衝液)で還元される2つの緩衝液を適用することにより誘導された。2つの対照群は,標準緩衝溶液で絶えず注入された。さらに,2つのSARAバッファを3つの異なる供給変動と組み合わせて,それらの濃縮物対hay比において異なった。SARAの誘導は5.8以下のpHの減少をもたらし,その後定常状態SARAに変化した。pH値の減少は細菌多様性と豊富さの減少をもたらした。さらに,固体関連細菌の多様性は,すべての実験期間を通して,高い濃縮物グループのためにより低かった。一般的に,FirmicutesおよびBacteroidetesは,固体および液相における優勢な門であった。SARA期には,乳酸産生と利用ファミリーが特定の処理群で増加したが,線維溶解細菌の減少を観察した。Lactobacillus属とPrevotella属はSARA期に優勢であった。第2の制御期間の誘導により,ほとんどの細菌群は初期豊度を回復した。結論として,このin vitroモデルはSARAに関連する典型的な細菌変化を示し,SARAの噴出から回復できる。したがって,このモデルは実験室条件下でSARAを模倣するのに使用でき,動物実験の減少に寄与する可能性がある。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *細菌 ,  遺伝子 ,  乳酸桿菌属 ,  *アシドーシス ,  ミクロフローラ ,  in vivo実験 ,  Prevotella ,  pH【水素イオン指数】
準シソーラス用語： バクテロイデス門 ,  16S rRNA ,  *アンプリコン ,  *潜在性ルーメンアシドーシス ,  Firmicutes ,  *細菌群集 ,  細菌多様性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： pH ,  微生物叢 ,  in vitro ,  SARA ,  qPCR ,  第一胃

分類 (3件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (56件)：

• Berg Miller M. E., Antonopoulos D. A., Rincon M. T., Band M., Bari A., Akraiko T., et al (2009). Diversity and strain specificity of plant cell wall degrading enzymes revealed by the draft genome of Ruminococcus flavefaciens FD-1. PLoS One 4:e6650. doi: 10.1371/journal.pone.0006650
• Boguhn J., Zuber T., Rodehutscord M. (2013). Effect of donor animals and their diet on in vitro nutrient degradation and microbial protein synthesis using grass and corn silages. J. Anim. Physiol. Anim. Nutr. 97 547-557. doi: 10.1111/j.1439-0396.2012.01295.x
• Callahan B. J., McMurdie P. J., Rosen M. J., Han A. W., Johnson A. J. A., Holmes S. P. (2016). DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat. Methods 13 581-583. doi: 10.1038/nmeth.3869
• Caporaso J. G., Lauber C. L., Walters W. A., Berg-Lyons D., Lozupone C. A., Turnbaugh P. J., et al (2011). Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proc. Nat.Acad. Sci. U.S.A. 108 4516-4522. doi: 10.1073/pnas.1000080107
• Chen L., Shen Y., Wang C., Ding L., Zhao F., Wang M., et al (2019). Megasphaera elsdenii lactate degradation pattern shifts in rumen acidosis models. Front. Microbiol. 10:162. doi: 10.3389/fmicb.2019.00162

タイトルに関連する用語 (4件)： アンプリコン ,  亜急性第一胃アシドーシス ,  細菌群集 ,  回復