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J-GLOBAL ID：202002236022858711   整理番号：20A2307653

アブラヤシWRKY転写因子の全ゲノム同定と分析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide identification and analysis for oil palm WRKY transcription factors

著者 (2件)： Zhou Lixia (中国熱帯農業科学院椰子研究所/海南省熱帯油料作物生物学重点実験室, 海南 文昌 571339) ,  Cao Hongxing (中国熱帯農業科学院椰子研究所/海南省熱帯油料作物生物学重点実験室, 海南 文昌 571339)
資料名： Guangxi Zhiwu  (Guangxi Zhiwu)
巻： 40  号： 7  ページ： 977-987  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2429A  ISSN： 1000-3142  CODEN： GUZHEI  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では、NCBIウェブサイトからアブラヤシの全ゲノム配列情報をダウンロードし、TheArabidopsisInformationResource(TAIR)データベースからダウンロードしてシロイヌナズナWRKY転写因子配列を得た。アブラヤシゲノムデータベースにおけるBLASTの相同配列アラインメント分析を,NCBIオンラインツールCDDとPFAMデータベースを用いて行い,WRKYドメインを除外した。バイオインフォマティクス法を用いて、アブラヤシWRKY転写因子に対して分析と機能予測を行った。結果は以下を示した。(1)アブラヤシゲノムデータベースからWRKY転写因子95個を発掘し、このWRKY転写因子タンパク質がコードするアミノ酸のサイズは1161303bpであり、95個はすべて親水性タンパク質である。総体は不安定蛋白質(EgWRKY25とEgWRKY56を除く)であり、60個のタンパク質はα-螺旋を主要な二次構造要素とし、35個はランダムコイルを主な二次構造要素とする。(2)保存ドメイン系統樹の結果により、アブラヤシWRKY転写因子ファミリータンパク質は主に3つの種類、即ちI、IIとIII類に分類され、その中のクラスIはIC、IN亜類に分類され、IIはIIa、IIb、IIcとIId亜類に分けられる。(3)イントロンとエクソン構造は,EgWRKY遺伝子の構造進化が高度に保存されていることを示した。以上の結果は、アブラヤシWRKY転写因子のマイニング、機能分析及び分子生物学研究に基礎を築き、同時に分子育種と遺伝改良に参考を提供した。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  データベース ,  アミノ酸 ,  遺伝 ,  タンパク質 ,  系統樹 ,  *ゲノム ,  二次構造 ,  分子生物学 ,  *アブラヤシ ,  イントロン ,  Arabidopsis thaliana
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  ドメイン構造 ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 植物生理学一般  (EH02010Y) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： アブラヤシ ,  WRKY転写因子 ,  ゲノム ,  同定 ,  分析